Folketellingen 1582–83 registrerte at vilayet, en autonom del av grensen til Sanjak of Scutari, hadde nahiyah av Grbavci (13 landsbyer), Župa (11 landsbyer), Malonšići (7 landsbyer), Pješivci (14 landsbyer), Cetinje (16 landsbyer), Rijeka (31 landsbyer), Crmnica (11 landsbyer), Paštrovići (36 landsbyer) og Grbalj (9 landsbyer);totalt 148 landsbyer.De montenegrinske stammene, med støtte fra det serbisk-ortodokse eparkiet Cetinje, kjempet geriljakriger mot ottomanerne med en viss grad av suksess.Selv om ottomanerne fortsatte å nominelt styre landet, ble fjellene sagt å aldri ha blitt fullstendig erobret.Det eksisterte stammeforsamlinger (zbor).Hovedbiskopen (og stammelederne) allierte seg ofte med republikken Venezia.Montenegrinerne kjempet og vant to viktige slag ved Lješkopolje, i 1604 og 1613, under ledelse og kommando av Metropolitan Rufim Njeguš.Dette var det første slaget, av mange, som en biskop hadde ledet, og klarte å beseire ottomanerne.Under den store tyrkiske krigen, i 1685, ledet Suleiman, Pasha av Scutari, en kontingent som nærmet seg Cetinje, og på veien kolliderte med hajduks i venetiansk tjeneste under kommando av Bajo Pivljanin ved høyden Vrtijeljka (i slaget ved Vrtijeljka) , hvor de utslettet hajdukene.Etterpå paraderte de seirende osmanerne med 500 avkuttede hoder gjennom Cetinje, og angrep også Cetinje-klosteret og palasset til Ivan Crnojević.Montenegrinerne utviste osmanerne og hevdet uavhengighet etter den store tyrkiske krigen (1683–1699).