Under okkupasjonen ble etniske spenninger økt og nasjonalismen vokste.^[82] Storbritannia var konkurs og den nye Labour-regjeringen var opptatt av å trekke sine styrker tilbake fra øst.Men de fleste malaysere var mer opptatt av å forsvare seg mot MCP enn av å kreve uavhengighet fra britene.I 1944 utarbeidet britene planer for en malaysisk union, som ville gjøre de fødererte og ufødererte malaysiske statene, pluss Penang og Malacca (men ikke Singapore ), til en enkelt kronekoloni, med tanke på uavhengighet.Dette trekket, med sikte på eventuell uavhengighet, ble møtt med betydelig motstand fra malayerne, først og fremst på grunn av det foreslåtte likeverdige statsborgerskapet for etniske kinesere og andre minoriteter.Britene oppfattet disse gruppene som mer lojale under krigen enn malayerne.Denne motstanden førte til oppløsningen av den malaysiske unionen i 1948, og ga plass til Federation of Malaya, som opprettholdt autonomien til malaysiske statsherskere under britisk beskyttelse.Parallelt med disse politiske endringene, tok det kommunistiske partiet i Malaya (MCP), først og fremst støttet av etniske kinesere, fart.MCP, opprinnelig et lovlig parti, hadde skiftet mot geriljakrigføring med ambisjoner om å utvise britene fra Malaya.I juli 1948 erklærte den britiske regjeringen unntakstilstand, noe som fikk MCP til å trekke seg tilbake i jungelen og danne Malayan Peoples' Liberation Army.Grunnårsakene til denne konflikten varierte fra konstitusjonelle endringer som marginaliserte de etniske kineserne til fordrivelse av bønder for plantasjeutvikling.Imidlertid fikk MCP minimal støtte fra globale kommunistmakter.Den malaysiske nødsituasjonen, som varte fra 1948 til 1960, så britene bruke moderne opprørsbekjempelsestaktikker, utviklet av Lt.-General Sir Gerald Templer, mot MCP.Mens konflikten så sin andel av grusomheter, som Batang Kali-massakren, svekket den britiske strategien med å isolere MCP fra støttebasen, kombinert med økonomiske og politiske innrømmelser, gradvis opprørerne.På midten av 1950-tallet hadde tidevannet snudd mot MCP, og satte scenen for føderasjonens uavhengighet i Samveldet 31. august 1957, med Tunku Abdul Rahman som dens første statsminister.