Agha Mohammad Khan, etter å ha kommet seirende ut av borgerkrigen etter den siste Zand-kongens bortgang, fokuserte på å gjenforene og sentralisere Iran.^[54] Etter Nader Shah og Zand-tiden hadde Irans kaukasiske territorier dannet forskjellige khanater.Agha Mohammad Khan hadde som mål å gjeninnlemme disse regionene i Iran, og betraktet dem som like integrerte som et hvilket som helst fastlandsterritorium.Et av hans primære mål var Georgia, som han så på som avgjørende for iransk suverenitet.Han krevde at den georgiske kongen, Erekle II, skulle gi avkall på sin traktat fra 1783 med Russland og akseptere persisk suverenitet, noe Erekle II nektet.Som svar satte Agha Mohammad Khan i gang en militærkampanje som med suksess hevdet iransk kontroll over forskjellige kaukasiske territorier, inkludert dagens Armenia , Aserbajdsjan , Dagestan og Igdir.Han triumferte i slaget ved Krtsanisi, noe som førte til erobringen av Tbilisi og en effektiv underkastelse av Georgia .^[55]I 1796, etter at han kom tilbake fra sin vellykkede kampanje i Georgia og transporterte tusenvis av georgiske fanger til Iran, ble Agha Mohammad Khan formelt kronet som Shah.Hans regjeringstid ble avkortet av attentat i 1797 mens han planla en annen ekspedisjon mot Georgia.Etter hans død utnyttet Russland den regionale ustabiliteten.I 1799 gikk russiske styrker inn i Tbilisi, og innen 1801 hadde de effektivt annektert Georgia.Denne utvidelsen markerte begynnelsen på de russisk-persiske krigene (1804–1813 og 1826–1828), som førte til den eventuelle sesjonen av østlige Georgia, Dagestan, Armenia og Aserbajdsjan til Russland, som fastsatt i traktatene til Gulistan og Turkmenchay.Dermed forble territoriene nord for Aras-elven, inkludert samtidens Aserbajdsjan, østlige Georgia, Dagestan og Armenia, en del av Iran frem til deres okkupasjon av Russland på 1800-tallet.^[56]Etter de russisk-persiske krigene og det offisielle tapet av enorme territorier i Kaukasus, skjedde det betydelige demografiske endringer.Krigene 1804–1814 og 1826–1828 førte til store migrasjoner kjent som kaukasiske Muhajirs til fastlandet i Iran.Denne bevegelsen inkluderte forskjellige etniske grupper som Ayrums, Qarapapaqs, Circassians, Shia Lezgins og andre transkaukasiske muslimer.^[57] Etter slaget ved Ganja i 1804 ble mange Ayrums og Qarapapaqs gjenbosatt i Tabriz, Iran.Gjennom krigen 1804–1813, og senere under konflikten 1826–1828, migrerte flere av disse gruppene fra de nylig erobrede russiske territoriene til Solduz i dagens Vest-Aserbajdsjan-provinsen, Iran.^[58] De russiske militære aktivitetene og styringsspørsmålene i Kaukasus drev et stort antall muslimer og noen georgiske kristne i eksil i Iran.^[59]Fra 1864 til tidlig på 1900-tallet skjedde ytterligere utvisninger og frivillige migrasjoner etter den russiske seieren i den kaukasiske krigen.Dette førte til ytterligere bevegelser av kaukasiske muslimer, inkludert aserbajdsjanske, andre transkaukasiske muslimer og nordkaukasiske grupper som sirkassere, sjia-lezginer og laks, mot Iran og Tyrkia.^[57] Mange av disse migrantene spilte avgjørende roller i Irans historie, og utgjorde en betydelig del av den persiske kosakkbrigaden som ble etablert på slutten av 1800-tallet.^[60]Turkmenchay-traktaten i 1828 la også til rette for gjenbosetting av armenere fra Iran til de nylig russiskkontrollerte områdene.^[61] Historisk sett var armenere et flertall i Øst-Armenia, men ble en minoritet etter Timurs kampanjer og påfølgende islamsk dominans.^[62] Den russiske invasjonen av Iran endret ytterligere den etniske sammensetningen, og førte til et armensk flertall i Øst-Armenia innen 1832. Dette demografiske skiftet ble ytterligere befestet etter Krim-krigen og den russisk-tyrkiske krigen 1877–1878.^[63]I løpet av denne perioden opplevde Iran økt vestlig diplomatisk engasjement under Fath Ali Shah.Hans barnebarn, Mohammad Shah Qajar, påvirket av Russland, forsøkte uten hell å fange Herat.Naser al-Din Shah Qajar, etterfølger av Mohammad Shah, var en mer vellykket hersker, og grunnla Irans første moderne sykehus.^[64]Den store persiske hungersnøden 1870–1871 var en katastrofal hendelse som resulterte i døden til omtrent to millioner mennesker.^[65] Denne perioden markerte en betydelig overgang i persisk historie, som førte til den persiske konstitusjonelle revolusjonen mot sjahen på slutten av 1800- og begynnelsen av 1900-tallet.Til tross for utfordringer, innrømmet sjahen en begrenset grunnlov i 1906, og forvandlet Persia til et konstitusjonelt monarki og førte til sammenkallingen av det første Majlis (parlamentet) 7. oktober 1906.Oppdagelsen av olje i 1908 i Khuzestan av britene intensiverte utenlandske interesser i Persia, spesielt av det britiske imperiet (relatert til William Knox D'Arcy og Anglo-Iranian Oil Company, nå BP).Denne perioden var også preget av den geopolitiske rivaliseringen mellom Storbritannia og Russland om Persia, kjent som The Great Game.Den anglo-russiske konvensjonen av 1907 delte Persia inn i innflytelsessfærer, og undergravde landets nasjonale suverenitet.Under første verdenskrig ble Persia okkupert av britiske, osmanske og russiske styrker, men forble stort sett nøytrale.Etter første verdenskrig og den russiske revolusjonen forsøkte Storbritannia å etablere et protektorat over Persia, som til slutt mislyktes.Ustabiliteten i Persia, fremhevet av den konstitusjonalistiske bevegelsen til Gilan og Qajar-regjeringens svekkelse, banet vei for fremveksten av Reza Khan, senere Reza Shah Pahlavi, og etableringen av Pahlavi-dynastiet i 1925. Et sentralt militærkupp i 1921, førte til av Reza Khan fra den persiske kosakkbrigaden og Seyyed Zia'eddin Tabatabai, var opprinnelig rettet mot å kontrollere myndighetspersoner i stedet for å direkte styrte Qajar-monarkiet.^[66] Reza Khans innflytelse vokste, og i 1925, etter å ha tjent som statsminister, ble han den første sjahen av Pahlavi-dynastiet.