Akbar Hashemi Rafsanjanis presidentskap, som begynte 16. august 1989, var preget av et fokus på økonomisk liberalisering og et press mot privatisering, i kontrast til den mer statskontrollerte tilnærmingen til tidligere administrasjoner i Den islamske republikken Iran.Rafsanjanis administrasjon ble beskrevet som «økonomisk liberal, politisk autoritær og filosofisk tradisjonell», og møtte motstand fra radikale elementer i Majles (det iranske parlamentet).^[114]I løpet av sin periode var Rafsanjani medvirkende til Irans gjenoppbygging etter krigen etter Iran-Irak-krigen.^[115] Hans administrasjon forsøkte å dempe makten til ultrakonservative, men disse anstrengelsene var stort sett mislykkede da de iranske revolusjonsgardene fikk mer makt under ledelse av Khamenei.Rafsanjani møtte anklager om korrupsjon fra både konservative ^[116] og reformistiske fraksjoner, ^[117] og hans presidentskap var kjent for harde grep mot dissens.^[118]Etter krigen fokuserte Rafsanjanis regjering på nasjonal utvikling.Den første utviklingsplanen til Den islamske republikken Iran ble utarbeidet under hans administrasjon, med sikte på å modernisere Irans forsvar, infrastruktur, kultur og økonomi.Planen søkte å møte grunnleggende behov, reformere forbruksmønstre og forbedre administrativ og rettslig ledelse.Rafsanjanis regjering ble kjent for å prioritere utvikling av industri- og transportinfrastruktur.Innenlands forkjempet Rafsanjani en fri markedsøkonomi, og forfulgte økonomisk liberalisering med statskasse støttet av oljeinntekter.Han hadde som mål å integrere Iran i den globale økonomien, og tok til orde for en strukturell tilpasningspolitikk inspirert av Verdensbanken.Denne tilnærmingen søkte en moderne industribasert økonomi, i kontrast til politikken til hans etterfølger, Mahmoud Ahmadinejad, som favoriserte økonomisk omfordeling og en hardline holdning mot vestlig intervensjon.Rafsanjani oppmuntret til samarbeid mellom universiteter og industrier, og understreket behovet for å tilpasse seg det raskt skiftende globale landskapet.Han initierte prosjekter som det islamske Azad-universitetet, og signaliserte en forpliktelse til utdanning og utvikling.^[119]Rafsanjanis funksjonstid så også henrettelsen av forskjellige grupper av Irans rettssystem, inkludert politiske dissidenter, kommunister, kurdere, bahá'ier og til og med noen islamske geistlige.Han tok et spesielt hardt standpunkt mot People's Mojahedin Organization of Iran, og tok til orde for strenge straffer i tråd med islamsk lov.^[120] Rafsanjani jobbet tett med Khamenei for å sikre statlig stabilitet etter Khomeinis død.I utenrikssaker arbeidet Rafsanjani for å reparere forholdet til arabiske stater og utvide båndene med land i Sentral-Asia og Kaukasus.Imidlertid forble forholdet til vestlige nasjoner, spesielt USA, anstrengt.Rafsanjanis regjering ga humanitær hjelp under den persiske gulfkrigen og ga uttrykk for støtte til fredsinitiativer i Midtøsten.Han spilte også en betydelig rolle i å støtte Irans atomprogram, og forsikret at Irans bruk av atomteknologi var fredelig.^[121]