Grekerne i den klassiske perioden trodde at i den mørke tidsalderen som fulgte sammenbruddet av den mykenske sivilisasjonen, flyktet et betydelig antall grekere og hadde emigrert til Lilleasia og bosatt seg der.Disse nybyggerne var fra tre stammegrupper: eolerne, dorerne og jonerne.Jonerne hadde bosatt seg ved kysten av Lydia og Caria, og grunnla de tolv byene som utgjorde Ionia.Byene i Ionia forble uavhengige til de ble erobret av lydianerne i det vestlige Lilleasia.Den persiske prinsen Kyros ledet et opprør mot den siste mediankongen Astyages i 553 fvt.Mens han kjempet mot lydianerne, hadde Kyros sendt meldinger til jonerne og bedt dem om å gjøre opprør mot lydisk styre, noe jonerne hadde nektet å gjøre.Etter at Kyros var ferdig med erobringen av Lydia, tilbød de joniske byene seg nå å være hans undersåtter på samme vilkår som de hadde vært undersåtter av Krøsus.Cyrus nektet, med henvisning til jonernes manglende vilje til å hjelpe ham tidligere.Jonerne forberedte seg dermed på å forsvare seg, og Kyros sendte den medianske generalen Harpagus for å erobre dem.I årene etter deres erobring syntes perserne at jonerne var vanskelige å styre.Perserne nøyde seg dermed med å sponse en tyrann i hver joniske by, selv om dette trakk dem inn i jonernes interne konflikter.På tampen av de gresk-persiske krigene er det sannsynlig at den joniske befolkningen hadde blitt misfornøyd og var klar for opprør.