Magellan staat bekend om zijn navigatievaardigheid en vasthoudendheid. De eerste omvaart wordt wel "de grootste zeereis in het tijdperk van ontdekkingen" genoemd, en zelfs "de belangrijkste maritieme reis ooit ondernomen". De waardering voor de prestaties van Magellan kan in de loop van de tijd zijn toegenomen door het mislukken van daaropvolgende expedities die probeerden zijn route te volgen, te beginnen met de Loaísa-expeditie in 1525 (waarbij Juan Sebastián Elcano de onderbevelhebber was). De volgende expeditie die met succes een omvaart zou voltooien, onder leiding van Francis Drake, zou pas in 1580 plaatsvinden, 58 jaar na de terugkeer van de Victoria.

Magellan noemde de Stille Oceaan (die tot de achttiende eeuw ter ere van hem ook vaak de Zee van Magellan werd genoemd), en leende zijn naam aan de Straat van Magellan.

Hoewel Magellan de reis niet overleefde, heeft hij meer erkenning gekregen voor de expeditie dan Elcano. Aangezien Magellan degene was die ermee begon, wilde Portugal een Portugese ontdekkingsreiziger erkennen en Spanje vreesde het Baskische nationalisme.