Na de nederlaag van de troepen die loyaal waren aan het Tokugawa-shogunaat tijdens de Boshin-oorlog in 1868, nam de nieuwe Meiji-regering alle landen in beslag die voorheen onder directe controle stonden van het
Shogunaat (tenryō) en landen die werden gecontroleerd door daimyo's die trouw bleven aan de Tokugawa-zaak.Deze landen waren goed voor ongeveer een kwart van het landoppervlak van Japan en werden gereorganiseerd in prefecturen met gouverneurs die rechtstreeks door de centrale overheid werden benoemd.De tweede fase in de afschaffing van de han vond plaats in 1869. De beweging werd geleid door Kido Takayoshi van het Chōshū-domein, met de steun van de hofedelen Iwakura Tomomi en Sanjō Sanetomi.Kido overtuigde de heren van Chōshū en Satsuma, de twee belangrijkste domeinen bij de omverwerping van de Tokugawa, om hun domeinen vrijwillig aan de keizer over te geven.Tussen 25 juli 1869 en 2 augustus 1869 volgden de daimyo's van 260 andere domeinen, uit angst dat hun loyaliteit in twijfel zou worden getrokken.Slechts 14 domeinen voldeden aanvankelijk niet vrijwillig aan de teruggave van de domeinen en werden vervolgens door het Hof daartoe bevolen, onder dreiging van militaire actie.In ruil voor het overgeven van hun erfelijke gezag aan de centrale overheid, werden de Daimyos herbenoemd als niet-erfelijke gouverneurs van hun voormalige domeinen (die werden omgedoopt tot prefecturen), en mochten ze tien procent van de belastinginkomsten behouden, gebaseerd op werkelijke rijstproductie (die groter was dan de nominale rijstproductie waarop hun feodale verplichtingen onder het shogunaat vroeger waren gebaseerd).De term daimyō werd ook in juli 1869 afgeschaft met de vorming van het kazoku-peeragesysteem.In augustus 1871 dwong Okubo, bijgestaan door Saigō Takamori, Kido Takayoshi, Iwakura Tomomi en Yamagata Aritomo, een keizerlijk edict door dat de 261 overgebleven ex-feodale domeinen reorganiseerde in drie stedelijke prefecturen (fu) en 302 prefecturen (ken).Het aantal werd vervolgens door consolidatie het jaar daarop teruggebracht tot drie stedelijke prefecturen en 72 prefecturen, en later tot de huidige drie stedelijke prefecturen en 44 prefecturen in 1888.