Oost-Timor dankt zijn territoriale onderscheidend vermogen van de rest van Timor, en de Indonesische archipel als geheel, aan de kolonisatie door de
Portugezen in plaats van door de Nederlanders;in 1915 werd een overeenkomst ondertekend die het eiland tussen de twee machten verdeelde. De koloniale heerschappij werd vervangen door de
Japanners tijdens
de Tweede Wereldoorlog , wiens bezetting een verzetsbeweging voortbracht die resulteerde in de dood van 60.000 mensen, destijds 13 procent van de bevolking.Na de oorlog verzekerde Nederlands-Indië zijn onafhankelijkheid toen de Republiek Indonesië en de Portugezen ondertussen de controle over Oost-Timor herstelden.Indonesische nationalistische en militaire hardliners, met name leiders van de inlichtingendienst Kopkamtib en de speciale operatie-eenheid Opsus, zagen de Portugese staatsgreep van 1974 als een kans voor de annexatie van Oost-Timor door Indonesië.
[72] Het hoofd van Opsus en nauw adviseur van de Indonesische president Soeharto, generaal-majoor Ali Murtopo, en zijn beschermeling brigadegeneraal Benny Murdani leidden militaire inlichtingenoperaties en stonden aan het hoofd van de pro-annexatiecampagne van Indonesië.De Indonesische invasie van Oost-Timor begon op 7 december 1975 toen het Indonesische leger (ABRI/TNI) Oost-Timor binnenviel onder het voorwendsel van antikolonialisme en anticommunisme om het in 1974 opgekomen Fretilin-regime omver te werpen. en kortstondig leidde de door Fretilin geleide regering tot een gewelddadige bezetting van een kwart eeuw, waarbij naar schatting tussen de 100.000 en 180.000 soldaten en burgers zijn omgekomen of uitgehongerd.
[73] De Commissie voor opvang, waarheid en verzoening in Oost-Timor documenteerde een minimumschatting van 102.000 conflictgerelateerde sterfgevallen in Oost-Timor gedurende de gehele periode 1974 tot 1999, waaronder 18.600 gewelddadige moorden en 84.200 sterfgevallen als gevolg van ziekte en honger;Indonesische troepen en hun hulptroepen waren samen verantwoordelijk voor 70% van de moorden.
[74] [75]Tijdens de eerste maanden van de bezetting kreeg het Indonesische leger te maken met hevig verzet van de opstandelingen in het bergachtige binnenland van het eiland, maar van 1977 tot 1978 schafte het leger nieuwe geavanceerde wapens aan uit de Verenigde Staten en andere landen om het geraamte van Fretilin te vernietigen.De laatste twee decennia van de eeuw waren er voortdurende botsingen tussen Indonesische en Oost-Timorese groepen over de status van Oost-Timor, tot 1999, toen een meerderheid van de Oost-Timorezen overweldigend voor onafhankelijkheid stemde (de alternatieve optie was "speciale autonomie" terwijl ze deel bleven uitmaken van Indonesië. ).Na nog eens twee en een half jaar van overgang onder auspiciën van drie verschillende VN-missies, werd Oost-Timor op 20 mei 2002 onafhankelijk.