Volgens Caesar ging Pompeius van Mytilini naar Cilicië en Cyprus.Hij nam geld aan van de belastinginners, leende geld om soldaten in te huren en bewapende 2.000 man.Hij ging aan boord van een schip met veel bronzen munten.Pompeius vertrok vanuit Cyprus met oorlogsschepen en koopvaardijschepen.Hij hoorde dat Ptolemaeus met een leger in Pelusium was en dat hij in oorlog was met zijn zuster Cleopatra VII, die hij had afgezet.De kampen van de vijandige troepen waren dichtbij, dus stuurde Pompeius een boodschapper om zijn aankomst in Ptolemaeus aan te kondigen en om zijn hulp te vragen.Potheinus de eunuch, die de regent van de jonge koning was, hield een concilie met onder meer Theodotus van Chios, de leermeester van de koning, en Achillas, het hoofd van het leger.Volgens Plutarchus adviseerden sommigen Pompeius weg te jagen, terwijl anderen hem verwelkomden.Theodotus voerde aan dat geen van beide opties veilig was: als hij werd verwelkomd, zou Pompeius een meester worden en Caesar een vijand, terwijl Pompeius, als hij zich zou afwenden, de
Egyptenaren de schuld zou geven omdat ze hem hadden afgewezen en Caesar omdat hij hem had gedwongen zijn achtervolging voort te zetten.In plaats daarvan zou het vermoorden van Pompeius de angst voor hem wegnemen en Caesar tevreden stellen.Op 28 september ging Achillas op een vissersboot naar het schip van Pompeius, samen met Lucius Septimius, die ooit een van Pompeius' officieren was geweest, en een derde moordenaar, Savius.Het gebrek aan vriendelijkheid op de boot was voor Pompeius aanleiding om Septimius te vertellen dat hij een oude kameraad was, waarbij laatstgenoemde alleen maar knikte.Hij stak een zwaard in Pompeius, waarna Achillas en Savius hem met dolken staken.Pompeius' hoofd werd afgehakt en zijn ongeklede lichaam werd in zee gegooid.Toen Caesar een paar dagen later in Egypte aankwam, was hij geschokt.Hij wendde zich af en verafschuwde de man die Pompeius' hoofd bracht.Toen Caesar de zegelring van Pompeius kreeg, huilde hij. Theodotus verliet Egypte en ontsnapte aan de wraak van Caesar.De stoffelijke resten van Pompeius werden naar Cornelia gebracht, die ze begroef in zijn villa in Albanië.