एसियाली आनुवंशिकताको अध्ययनले पूर्वी एसियाका मौलिक मानवहरू दक्षिणपूर्व एसियाबाट आएको बताउँछ।^[१४] प्रायद्वीपमा रहेका आदिवासी समूहहरूलाई तीन जातिहरूमा विभाजन गर्न सकिन्छ: नेग्रिटो, सेनोई र प्रोटो-मले।^[१५] मलाय प्रायद्वीपका प्रथम बासिन्दाहरू सम्भवतः नेग्रिटोस थिए।^[१६] यी मेसोलिथिक शिकारीहरू सम्भवतः सेमाङ, एक जातीय नेग्रिटो समूहका पुर्खाहरू थिए।^[१७] सेनोई एक मिश्रित समूह जस्तो देखिन्छ, मातृत्वको माइटोकोन्ड्रियल DNA वंशहरूको लगभग आधा सेमाङका पुर्खाहरू र लगभग आधा पछिको पुर्खाहरू इन्डोचीनबाट आएका थिए।विद्वानहरूले सुझाव दिन्छन् कि तिनीहरू प्रारम्भिक अस्ट्रोएसियाटिक-भाषी कृषिविद्हरूका सन्तान हुन्, जसले लगभग 4,000 वर्ष पहिले प्रायद्वीपको दक्षिणी भागमा आफ्नो भाषा र प्रविधि दुवै ल्याए।तिनीहरू आदिवासी जनसङ्ख्यासँग एकताबद्ध र एकताबद्ध भए।^[१८] प्रोटो मलायहरूको उत्पत्ति धेरै विविध छ ^[१९] र अस्ट्रोनेसियन विस्तारको परिणाम स्वरूप १००० ईसापूर्वमा मलेसियामा बसोबास गरेका थिए।^[२०] यद्यपि तिनीहरूले सामुद्रिक दक्षिणपूर्व एशियाका अन्य बासिन्दाहरूसँग केही सम्बन्धहरू देखाउँछन्, तर केहीको पनि लगभग 20,000 वर्ष पहिले अन्तिम हिमनदी अधिकतमको समयमा इन्डोचीनामा पुर्खाहरू छन्।हाल मलेसिया भएका क्षेत्रहरू समुद्री जेड रोडमा सहभागी थिए।व्यापार नेटवर्क 3,000 वर्षको लागि अस्तित्वमा थियो, 2000 ईसा पूर्व देखि 1000 CE बीच।^[२१]एन्थ्रोपोलोजिस्टहरूले प्रोटो-मलेहरू आजको युनान,चीनबाट उत्पन्न भएको धारणालाई समर्थन गर्छन्।^[२२] यसपछि मलय प्रायद्वीप हुँदै मलय द्वीपसमूहमा प्रारम्भिक-होलोसिन फैलियो।^[२३] लगभग ३०० ईसा पूर्व, उनीहरूलाई ड्युटेरो-मलेज, एक फलाम युग वा कांस्य युगका मानिसहरूले आंशिक रूपमा कम्बोडिया र भियतनामको चाम्सबाट आएका थिए।धातुका औजारहरू प्रयोग गर्ने प्रायद्वीपमा पहिलो समूह, Deutero-Malaysहरू आजका मलेशियन मलायहरूका प्रत्यक्ष पुर्खाहरू थिए र उनीहरूले उन्नत खेती प्रविधिहरू ल्याए।^[१७] मलयहरू राजनीतिक रूपमा मले द्वीपसमूहमा विभाजित रहे, यद्यपि एक साझा संस्कृति र सामाजिक संरचना साझा गरिएको थियो।^[२४]