Perang saudara antara dinasti Lê-Trịnh dan Mạc berakhir pada 1592, apabila tentera Trịnh Tùng menakluki Hanoi dan menghukum mati raja Mạc Mậu Hợp.Mereka yang terselamat daripada keluarga diraja Mạc melarikan diri ke pergunungan utara di wilayah Cao Bằng dan terus memerintah di sana sehingga 1677 apabila Trịnh Tạc menakluki wilayah Mạc terakhir ini.Raja-raja Lê, sejak pemulihan Nguyễn Kim, hanya bertindak sebagai tokoh.Selepas kejatuhan dinasti Mạc, semua kuasa sebenar di utara adalah milik tuan Trịnh.Sementara itu, mahkamah Ming dengan berat hati memutuskan campur tangan tentera ke dalam perang saudara Vietnam, tetapi Mạc Đăng Dung menawarkan penyerahan ritual kepada Empayar Ming , yang diterima.Pada tahun 1600, Nguyễn Hoàng juga mengisytiharkan dirinya Tuhan (secara rasmi "Vương") dan enggan menghantar lebih banyak wang atau askar untuk membantu Trịnh.Dia juga memindahkan ibu kotanya ke Phú Xuân, Huế zaman moden.Trịnh Tráng menggantikan Trịnh Tùng, bapanya, selepas kematiannya pada tahun 1623. Tráng mengarahkan Nguyễn Phúc Nguyên untuk tunduk kepada kuasanya.Perintah itu ditolak dua kali.Pada tahun 1627, Trịnh Tráng menghantar 150,000 tentera ke selatan dalam kempen ketenteraan yang tidak berjaya.Trịnh jauh lebih kuat, dengan populasi, ekonomi dan tentera yang lebih besar, tetapi mereka tidak dapat mengalahkan Nguyễn, yang telah membina dua tembok batu pertahanan dan melabur dalam artileri Portugis.Perang Trịnh–Nguyễn berlangsung dari 1627 hingga 1672. Tentera Trịnh melakukan sekurang-kurangnya tujuh serangan, yang kesemuanya gagal menawan Phú Xuân.Untuk seketika, bermula pada tahun 1651, Nguyễn sendiri melancarkan serangan dan menyerang bahagian wilayah Trịnh.Walau bagaimanapun, Trịnh, di bawah pemimpin baru, Trịnh Tạc, memaksa Nguyễn kembali pada tahun 1655. Selepas serangan terakhir pada tahun 1672, Trịnh Tạc bersetuju untuk gencatan senjata dengan Nguyễn Lord Nguyễn Phúc Tần.Negara ini secara berkesan dibahagikan kepada dua.Perang Trịnh–Nguyễn memberi peluang kepada pedagang Eropah untuk menyokong setiap pihak dengan senjata dan teknologi: Portugis membantu Nguyễn di Selatan manakala Belanda membantu Trịnh di Utara.Trịnh dan Nguyễn mengekalkan keamanan relatif selama seratus tahun berikutnya, di mana kedua-dua pihak membuat pencapaian yang ketara.Trịnh mewujudkan pejabat kerajaan berpusat yang bertanggungjawab ke atas belanjawan negara dan mengeluarkan mata wang, menyatukan unit berat ke dalam sistem perpuluhan, menubuhkan kedai percetakan untuk mengurangkan keperluan untuk mengimport bahan bercetak dari China, membuka akademi tentera dan menyusun buku sejarah.Sementara itu, tuan-tuan Nguyễn meneruskan pengembangan ke selatan dengan penaklukan tanah Cham yang tinggal.Peneroka Việt juga tiba di kawasan berpenduduk jarang dikenali sebagai "Water Chenla", yang merupakan bahagian Delta Mekong yang lebih rendah dari bekas Empayar Khmer .Antara pertengahan abad ke-17 hingga pertengahan abad ke-18, ketika bekas Empayar Khmer dilemahkan oleh perselisihan dalaman dan pencerobohan Siam , Tuan-tuan Nguyễn menggunakan pelbagai cara, perkahwinan politik, tekanan diplomatik, bantuan politik dan ketenteraan, untuk mendapatkan kawasan sekitar masa kini. -hari Saigon dan Delta Mekong.Tentera Nguyễn ada kalanya juga bertempur dengan tentera Siam untuk mewujudkan pengaruh ke atas bekas Empayar Khmer.