Tercetusnya perang di Pasifik pada Disember 1941 mendapati British di Tanah Melayu tidak bersedia sepenuhnya.Semasa tahun 1930-an, menjangkakan peningkatan ancaman kuasa tentera laut Jepun, mereka telah membina pangkalan tentera laut yang hebat di Singapura , tetapi tidak pernah menjangkakan pencerobohan ke atas Tanah Melayu dari utara.Hampir tiada kapasiti udara British di Timur Jauh.Oleh itu,Jepun dapat menyerang dari pangkalan mereka di Indo-China Perancis dengan sewenang-wenangnya, dan walaupun ditentang oleh tentera British, Australia, danIndia , mereka telah menguasai Tanah Melayu dalam masa dua bulan.Singapura, tanpa pertahanan darat, tiada perlindungan udara, dan tiada bekalan air, terpaksa menyerah kalah pada Februari 1942. Borneo Utara British dan Brunei turut diduduki.Kerajaan kolonial Jepun memandang Melayu dari sudut pan-Asia, dan memupuk bentuk nasionalisme Melayu yang terhad.Nasionalis Melayu Kesatuan Melayu Muda, penyokong Melayu Raya, bekerjasama dengan Jepun, berdasarkan pemahaman bahawa Jepun akan menyatukan Hindia Belanda, Tanah Melayu dan Borneo dan memberi mereka kemerdekaan.^[80] Penjajah menganggap orangCina , bagaimanapun, sebagai musuh asing, dan memperlakukan mereka dengan sangat keras: semasa apa yang dipanggil sook ching (pemurnian melalui penderitaan), sehingga 80,000 orang Cina di Tanah Melayu dan Singapura terbunuh.Orang Cina yang diketuai oleh Parti Komunis Malaya (MCP) menjadi tulang belakang Tentera Anti-Jepun Rakyat Malaya (MPAJA).Dengan bantuan British, MPAJA menjadi pasukan penentang yang paling berkesan di negara-negara Asia yang diduduki.Walaupun Jepun berhujah bahawa mereka menyokong nasionalisme Melayu, mereka menyinggung nasionalisme Melayu dengan membenarkan sekutu mereka Thailand untuk menggabungkan semula empat negeri utara, Kedah, Perlis, Kelantan, dan Terengganu yang telah dipindahkan ke British Malaya pada tahun 1909. Kehilangan Tanah Melayu pasaran eksport tidak lama kemudian menghasilkan pengangguran besar-besaran yang menjejaskan semua kaum dan menjadikan Jepun semakin tidak popular.^[81]