Penguasaan Siam dan Vietnam semakin kuat pada abad ke-17 dan ke-18, mengakibatkan perpindahan kerusi kuasa yang kerap apabila pihak berkuasa diraja Khmer berkurangan kepada keadaan vasal.Siam, yang mungkin sebaliknya telah dipujuk sebagai sekutu menentang pencerobohan Vietnam pada abad ke-18, sendiri terlibat dalam konflik berpanjangan dengan Burma dan pada tahun 1767 ibu kota Siam Ayutthaya telah musnah sepenuhnya.Walau bagaimanapun, Siam pulih dan tidak lama kemudian menegaskan kembali penguasaannya ke atas Kemboja.Raja muda Khmer Ang Eng (1779–96) telah ditabalkan sebagai raja di Oudong manakala Siam mengilhakkan wilayah Battambang dan Siem Reap Kemboja.Raja-raja tempatan menjadi vasal di bawah pemerintahan Siam secara langsung.^[72]Siam dan Vietnam pada asasnya mempunyai sikap yang berbeza mengenai hubungan mereka dengan Kemboja.Orang Siam berkongsi agama, mitologi, kesusasteraan, dan budaya yang sama dengan Khmer, setelah mengamalkan banyak amalan agama dan budaya.^[73] Raja-raja Chakri Thai mengikuti sistem Chakravatin seorang pemerintah universal yang ideal, secara beretika dan baik hati memerintah semua rakyatnya.Orang Vietnam menggubal misi ketamadunan, kerana mereka melihat orang Khmer sebagai budaya yang lebih rendah dan menganggap tanah Khmer sebagai tapak yang sah untuk dijajah oleh peneroka dari Vietnam.^[74]Perjuangan yang diperbaharui antara Siam dan Vietnam untuk menguasai Kemboja dan lembangan Mekong pada awal abad ke-19 mengakibatkan penguasaan Vietnam ke atas seorang raja bawahan Kemboja.Percubaan untuk memaksa orang Kemboja mengamalkan adat resam Vietnam menyebabkan beberapa pemberontakan terhadap pemerintahan Vietnam.Yang paling ketara berlaku dari 1840 hingga 1841, merebak ke kebanyakan negara.Wilayah Delta Mekong menjadi pertikaian wilayah antara Kemboja dan Vietnam.Kemboja secara beransur-ansur hilang kawalan ke atas Delta Mekong.