प्रथम फितना, एक प्रमुख इस्लामिक गृहयुद्ध, इजिप्तच्या शासनव्यवस्थेत महत्त्वपूर्ण बदल घडवून आणले.या काळात खलिफ अलीने मुहम्मद इब्न अबी बकर यांची इजिप्तचा गव्हर्नर म्हणून नियुक्ती केली.तथापि, अमर इब्न अल-अस, उमय्यादांना पाठिंबा देत, 658 मध्ये इब्न अबी बकरचा पराभव केला आणि 664 मध्ये त्याच्या मृत्यूपर्यंत इजिप्तवर राज्य केले. उमय्यांच्या अंतर्गत, मस्लामा इब्न मुखल्लाद अल-अन्सारी सारख्या उमय्या समर्थक पक्षांनी दुसऱ्या फितनापर्यंत इजिप्तवर राज्य केले. .या संघर्षादरम्यान, स्थानिक अरबांमध्ये लोकप्रिय नसलेली खारिजाइट-समर्थित झुबेरिड राजवट स्थापन झाली.उमय्याद खलीफा मारवान पहिला याने 684 मध्ये इजिप्तवर आक्रमण केले, उमय्याद नियंत्रण पुनर्स्थापित केले आणि त्याचा मुलगा अब्द अल-अजीझ याला गव्हर्नर म्हणून नियुक्त केले, ज्याने 20 वर्षे व्हाईसरॉय म्हणून प्रभावीपणे राज्य केले.^[८२]उमय्यादांच्या काळात, अब्द अल-मलिक इब्न रिफाआ अल-फहमी आणि अय्युब इब्न शरहबिल सारख्या राज्यपालांनी, स्थानिक लष्करी अभिजात वर्गातून (जंड) निवडले, कॉप्ट्सवर दबाव वाढवणारी धोरणे राबवली आणि इस्लामीकरण सुरू केले.^[८३] वाढीव कर आकारणीमुळे अनेक कॉप्टिक विद्रोहांना कारणीभूत ठरले, 725 मध्ये सर्वात लक्षणीय होती. अरबी 706 मध्ये अधिकृत सरकारी भाषा बनली, इजिप्शियन अरबीच्या निर्मितीमध्ये योगदान दिले.739 आणि 750 मध्ये आणखी बंड करून उमय्याचा काळ संपला.अब्बासीद काळात, इजिप्तने नवीन कर आकारणी आणि पुढील कॉप्टिक बंडांचा अनुभव घेतला.834 मध्ये सत्ता आणि आर्थिक नियंत्रणाचे केंद्रीकरण करण्याच्या खलिफ अल-मुतासिमच्या निर्णयामुळे स्थानिक अरब सैन्याच्या बदली तुर्की सैनिकांसह महत्त्वपूर्ण बदल झाले.9व्या शतकात मुस्लिम लोकसंख्येने कॉप्टिक ख्रिश्चनांना मागे टाकले, अरबीकरण आणि इस्लामीकरण प्रक्रिया तीव्र झाल्या.अब्बासी हार्टलँडमधील "समरा येथील अराजक" ने इजिप्तमधील अलिद क्रांतिकारक चळवळींच्या उदयास मदत केली.^[८४]868 मध्ये जेव्हा अहमद इब्न टुलूनची राज्यपाल म्हणून नियुक्ती करण्यात आली तेव्हा तुलुनिड कालावधी सुरू झाला, ज्यामुळे इजिप्तच्या राजकीय स्वातंत्र्याकडे बदल झाला.अंतर्गत सत्ता संघर्ष असूनही, इब्न टुलूनने एक वास्तविक स्वतंत्र नियम स्थापित केला, लक्षणीय संपत्ती जमा केली आणि लेव्हंटमध्ये प्रभाव वाढवला.तथापि, त्याच्या उत्तराधिकार्‍यांना अंतर्गत कलह आणि बाह्य धोक्यांचा सामना करावा लागला, ज्यामुळे 905 मध्ये इजिप्तवर अब्बासिदांनी पुन्हा विजय मिळवला ^{[. ८५]}तुलुनिद नंतर इजिप्तमध्ये सतत संघर्ष आणि तुर्की कमांडर मुहम्मद इब्न तुघज अल-इख्शीद सारख्या प्रभावशाली व्यक्तींचा उदय झाला.946 मध्ये त्याच्या मृत्यूमुळे त्याचा मुलगा उनुजुर शांततापूर्ण उत्तराधिकारी आणि त्यानंतर काफूरची सत्ता आली.तथापि, 969 मधील फातिमी विजयाने हा कालावधी संपला आणि इजिप्शियन इतिहासाच्या नवीन युगाची सुरुवात केली.^[८६]