21-ე საუკუნის დასაწყისში სინგაპური რამდენიმე მნიშვნელოვან გამოწვევას დაუპირისპირდა, მათ შორის ყველაზე გამორჩეული SARS-ის აფეთქება 2003 წელს და ტერორიზმის მზარდი საფრთხე.2001 წელს, საგანგაშო შეთქმულება, რომლის მიზანი იყო საელჩოები და ძირითადი ინფრასტრუქტურა, ჩაიშალა, რამაც გამოიწვია ჯემაჰ ისლამიას 15 წევრის დაპატიმრება.ამ ინციდენტმა ხელი შეუწყო ყოვლისმომცველი კონტრტერორისტული ღონისძიებების დანერგვას, რომლებიც მიზნად ისახავს გამოვლენას, პრევენციას და ზიანის შერბილებას.ამავდროულად, ქვეყნის ეკონომიკა შედარებით სტაბილური დარჩა, 2003 წელს შინამეურნეობის საშუალო თვიური შემოსავალი 4,870 სგდ დოლარი იყო.2004 წელს სინგაპურის მესამე პრემიერ მინისტრის თანამდებობაზე ავიდა ლი კუან იუს უფროსი ვაჟი, ლი სენ ლუნგი.მისი ხელმძღვანელობით რამდენიმე ტრანსფორმაციული ეროვნული პოლიტიკა იქნა შემოთავაზებული და განხორციელებული.აღსანიშნავია, რომ ეროვნული სამსახურის სწავლების ხანგრძლივობა 2005 წელს ორწლინახევრიდან ორ წლამდე შემცირდა. მთავრობამ ასევე წამოიწყო პროგრამა "ბირჟარის შემცირების" პროგრამა, რომელიც აქტიურად ეძებდა მოქალაქეთა გამოხმაურებას მთელ რიგ საკითხებზე, საკანონმდებლო ჩარჩოებიდან დამთავრებული საზოგადოების ინტერესებით.2006 წლის საყოველთაო არჩევნებმა მნიშვნელოვანი შემობრუნება მოახდინა სინგაპურის პოლიტიკურ ლანდშაფტში, უპირველეს ყოვლისა ინტერნეტისა და ბლოგის უპრეცედენტო გავლენის გამო, რომელიც რჩებოდა მთავრობის მიერ დაურეგულირებელი.არჩევნების წინ სტრატეგიული ნაბიჯით, მთავრობამ დაურიგა ფულადი პრემია „პროგრესის პაკეტის“ ყველა ზრდასრულ მოქალაქეზე, საერთო ჯამში 2,6 მილიარდი SGD.ოპოზიციის მიტინგებზე დიდი აქტივობების მიუხედავად, მმართველმა სახალხო მოქმედების პარტიამ (PAP) შეინარჩუნა თავისი დასაყრდენი, მოიპოვა 84 ადგილიდან 82 და დააგროვა ხმების 66%.სინგაპურის დამოუკიდებლობის შემდგომ ურთიერთობა მალაიზიასთან რთული იყო, ხშირად ხასიათდება უთანხმოებებით, მაგრამ ხაზგასმულია ურთიერთდამოკიდებულებით.როგორც ASEAN-ის წევრები, ორივე ქვეყანა აღიარებს მათ საერთო რეგიონალურ ინტერესებს.ეს ურთიერთდამოკიდებულება კიდევ უფრო ხაზგასმულია სინგაპურის დამოკიდებულებით მალაიზიაზე მისი წყალმომარაგების მნიშვნელოვანი ნაწილისთვის.მიუხედავად იმისა, რომ ორივე ქვეყანა დამოუკიდებლობის შემდგომი განსხვავებული ტრაექტორიების გამო დროდადრო სიტყვიერ ჩხუბში იყო ჩართული, ისინი საბედნიეროდ თავს არიდებდნენ მძიმე კონფლიქტებსა თუ საომარ მოქმედებებს.