საფრანგეთის ექსპედიცია ეგვიპტეში , თითქოსდა ოსმალეთის პორტის მხარდასაჭერად დამამლუქების დასათრგუნად, ნაპოლეონ ბონაპარტეს ხელმძღვანელობდა.ალექსანდრიაში ბონაპარტის გამოცხადება ხაზს უსვამდა ისლამის თანასწორობას, დამსახურებას და პატივისცემას, რაც ეწინააღმდეგებოდა მამლუქების სავარაუდო ნაკლებობას.მან დაჰპირდა ღია ხელმისაწვდომობას ყველა ეგვიპტეს ადმინისტრაციულ თანამდებობებზე და შესთავაზა პაპის ხელისუფლების დამხობა, რათა ეჩვენებინა საფრანგეთის ისლამის ერთგულება.^[102]თუმცა ეგვიპტელები სკეპტიკურად უყურებდნენ საფრანგეთის ზრახვებს.ემბაბეს ბრძოლაში (პირამიდების ბრძოლა) საფრანგეთის გამარჯვების შემდეგ, სადაც მურად ბეისა და იბრაჰიმ ბეის ძალები დამარცხდნენ, კაიროში ჩამოყალიბდა მუნიციპალური საბჭო, რომელშიც შეიხები, მამლუქები და ფრანგი წევრები შედიოდნენ, ძირითადად ემსახურებოდნენ საფრანგეთის ბრძანებულებების აღსრულებას.^[102]საფრანგეთის უძლეველობა ეჭვქვეშ დადგა ნილოსის ბრძოლაში მათი ფლოტის დამარცხების და ზემო ეგვიპტეში წარუმატებლობის შემდეგ.დაძაბულობა გამწვავდა სახლის გადასახადის შემოღებით, რამაც გამოიწვია აჯანყება კაიროში 1798 წლის ოქტომბერში. ფრანგი გენერალი დიუპუი მოკლეს, მაგრამ ბონაპარტმა და გენერალმა კლებერმა სწრაფად ჩაახშო აჯანყება.ფრანგებმა ალ-აზჰარის მეჩეთის, როგორც თავლას გამოყენებამ ღრმა შეურაცხყოფა გამოიწვია.^[102]1799 წელს ბონაპარტის სირიულმა ექსპედიციამ დროებით შეასუსტა საფრანგეთის კონტროლი ეგვიპტეზე.დაბრუნების შემდეგ მან დაამარცხა მურად ბეის და იბრაჰიმ ბეის ერთობლივი შეტევა, მოგვიანებით კი გაანადგურა თურქული ჯარი აბუკირთან.შემდეგ ბონაპარტმა დატოვა ეგვიპტე და თავის მემკვიდრედ კლებერი დანიშნა.^[102] კლებერი გაურკვეველი სიტუაციის წინაშე აღმოჩნდა.მას შემდეგ, რაც საფრანგეთის ევაკუაციის შესახებ თავდაპირველი შეთანხმება დაბლოკა ბრიტანელებმა, კაირო განიცდიდა არეულობას, რომელიც კლებერმა ჩაახშო.მან მოლაპარაკება გამართა მურად ბეისთან, მიანიჭა მას კონტროლი ზემო ეგვიპტეზე, მაგრამ კლებერი მოკლეს 1800 წლის ივნისში ^[102]გენერალმა ჟაკ-ფრანსუა მენუამ კლებერის მემკვიდრეობა მიიღო, ცდილობდა მუსლიმთა კეთილგანწყობის მოპოვებას, მაგრამ ეგვიპტელების გაუცხოება საფრანგეთის პროტექტორატის გამოცხადებით.1801 წელს ინგლისისა და თურქული ძალები დაეშვნენ აბუ ქირში, რამაც გამოიწვია საფრანგეთის დამარცხება.გენერალმა ბელიარმა კაირო მაისში ჩააბარა, ხოლო აგვისტოში მენუმ ალექსანდრიაში კაპიტულაცია მოახდინა, რითაც დასრულდა საფრანგეთის ოკუპაცია.^[102] ფრანგული ოკუპაციის გრძელვადიანი მემკვიდრეობა იყო "Description de l'Egypte", ფრანგი მეცნიერების მიერ ეგვიპტის დეტალური შესწავლა, რამაც მნიშვნელოვანი წვლილი შეიტანა ეგვიპტოლოგიის დარგში.^[102]