16 世紀には、プロテスタントの宗教改革運動がポーランドのキリスト教に深く浸透し、その結果としてポーランドで行われた宗教改革には多くの異なる宗派が関与しました。ポーランドで発展した宗教的寛容政策は当時のヨーロッパではほぼ唯一のものであり、宗教紛争で引き裂かれた地域から逃れた多くの人がポーランドに避難した。ジギスムント 1 世（1506 ～ 1548 年）とジギスムント 2 世アウグストゥス（1548 ～ 1572 年）の治世では、文化と科学の集中的な育成（ポーランドにおけるルネサンスの黄金時代）が見られました。その中で天文学者ニコラウス コペルニクス（1473 年）は、 –1543) が最もよく知られた代表者です。ヤン・コチャノフスキー (1530–1584) は詩人であり、この時代の最高の芸術的人物でした。ジギスムント 1 世の治世中の 1525 年、ドイツ騎士団は世俗化され、アルベルト公は領地であるプロイセン公国のためにポーランド王の前で敬意を表する行為（プロイセンの敬意）を行いました。マゾヴィアは 1529 年に最終的にポーランド王冠に完全に組み込まれました。ジギスムント 2 世の治世によりヤギェウォ朝時代は終わりましたが、リトアニアとの連合の最終的な成就であるルブリン連合 (1569 年) が誕生しました。この協定により、ウクライナはリトアニア大公国からポーランドに移管され、ポーランドとリトアニアの国体が真の連合に変わり、子供のいないジギスムント2世の死後もそれが維持され、ジギスムント2世の積極的な関与によってこのプロセスの完了が可能となった。極北東のリヴォニアは 1561 年にポーランドに編入され、ポーランドはロシア皇帝国に対するリヴォニア戦争に参戦しました。ポーランドとリトアニアの豪族による国家支配の進行を阻止しようとした死刑執行運動は、1562年から1563年にかけてピョトルコフのセイムで頂点に達した。宗教面では、ポーランド同胞団がカルビン派から分裂し、1563年にプロテスタントのブレスト聖書が出版されました。1564年に到着したイエズス会は、ポーランドの歴史に大きな影響を与える運命にありました。