Nel 1489, le forze cristiane iniziarono un doloroso lungo assedio di Baza, la roccaforte più importante rimasta ad al-Zagal.Baza era altamente difendibile poiché richiedeva ai cristiani di dividere i loro eserciti e l'artiglieria era di scarsa utilità contro di essa.L'approvvigionamento dell'esercito ha causato un enorme deficit di bilancio per i castigliani.Minacce occasionali di privazione dell'incarico erano necessarie per mantenere l'esercito in campo, e Isabella venne personalmente all'assedio per aiutare a mantenere il morale sia dei nobili che dei soldati.Dopo sei mesi, al-Zagal si arrese, nonostante la sua guarnigione fosse ancora in gran parte illesa;si era convinto che i cristiani fossero seriamente intenzionati a mantenere l'assedio finché sarebbe stato necessario, e un'ulteriore resistenza era inutile senza la speranza di un sollievo, di cui non c'era traccia.A Baza furono concessi generosi termini di resa, a differenza di Málaga.