Dopo la cattura della capitale, il governo messicano si trasferì nella capitale temporanea di Querétaro. A Città del Messico, le forze statunitensi sono diventate un esercito di occupazione e soggetto ad attacchi furtivi da parte della popolazione urbana. La guerra convenzionale lasciò il posto alla guerriglia da parte dei messicani che difendevano la loro patria. Hanno inflitto perdite significative all’esercito americano, in particolare ai soldati lenti a tenere il passo.
Il generale Scott inviò circa un quarto delle sue forze per proteggere la sua linea di comunicazione con Veracruz dal Corpo leggero del generale Rea e da altre forze di guerriglia messicane che avevano effettuato attacchi furtivi da maggio. I guerriglieri messicani spesso torturavano e mutilavano i corpi delle truppe statunitensi, come vendetta e avvertimento. Gli americani interpretarono questi atti non come la difesa della loro patria da parte dei messicani, ma come una prova della brutalità dei messicani in quanto razzialmente inferiori. Da parte loro, i soldati statunitensi si vendicarono dei messicani per gli attacchi, indipendentemente dal fatto che fossero sospettati o meno individualmente di atti di guerriglia.
Scott considerava gli attacchi di guerriglia contrari alle "leggi di guerra" e minacciava le proprietà delle popolazioni che sembravano ospitare i guerriglieri. I guerriglieri catturati dovevano essere fucilati, compresi i prigionieri indifesi, con la motivazione che i messicani avrebbero fatto lo stesso. Lo storico Peter Guardino sostiene che il comando dell'esercito americano era complice degli attacchi contro i civili messicani. Minacciando le case, le proprietà e le famiglie della popolazione civile con l'incendio di interi villaggi, il saccheggio e lo stupro delle donne, l'esercito americano ha separato i guerriglieri dalla loro base. "La guerriglia costa cara agli americani, ma indirettamente costa di più ai civili messicani".
Scott rafforzò la guarnigione di Puebla e in novembre aggiunse una guarnigione di 1.200 uomini a Jalapa, stabilì postazioni di 750 uomini lungo la strada principale tra il porto di Veracruz e la capitale, al passo tra Città del Messico e Puebla a Rio Frio, a Perote e San Juan sulla strada tra Jalapa e Puebla, e al Puente Nacional tra Jalapa e Veracruz. Aveva anche incaricato una brigata antiguerriglia sotto Lane per portare la guerra al Corpo Leggero e ad altri guerriglieri. Ordinò che i convogli viaggiassero con una scorta di almeno 1.300 uomini. Le vittorie di Lane sui Corpi Leggeri ad Atlixco (18 ottobre 1847), a Izúcar de Matamoros (23 novembre 1847) e al Passo Galaxara (24 novembre 1847) indebolirono le forze del generale Rea.
Successivamente un'incursione contro i guerriglieri di Padre Jarauta a Zacualtipan (25 febbraio 1848) ridusse ulteriormente le incursioni della guerriglia sulla linea di comunicazione americana. Dopo che i due governi conclusero una tregua in attesa della ratifica del trattato di pace, il 6 marzo 1848, le ostilità formali cessarono. Tuttavia, alcune bande continuarono a sfidare il governo messicano fino all'evacuazione dell'esercito americano in agosto. Alcuni furono soppressi dall'esercito messicano o, come Padre Jarauta, giustiziati.