Gli spagnoli installarono al potere il fratello di Atahualpa, Manco Inca Yupanqui;per qualche tempo Manco collaborò con gli spagnoli mentre combattevano per reprimere la resistenza nel nord.Nel frattempo, un socio di Pizarro, Diego de Almagro, ha tentato di rivendicare Cusco.Manco cercò di sfruttare a proprio vantaggio questa faida intra-spagnola, riconquistando Cusco nel 1536, ma in seguito gli spagnoli ripresero la città.Manco Inca si ritirò quindi sulle montagne di Vilcabamba e stabilì il piccolo stato neo-inca, dove lui ei suoi successori governarono per altri 36 anni, a volte razziando gli spagnoli o incitando rivolte contro di loro.