Tupac Inca morì intorno al 1493 a Chincheros, lasciando due figli legittimi e 90 figli e figlie illegittimi.Gli successe Huayna Capac. Nel sud, Huayna Capac continuò l'espansione dell'Impero Inca negli attuali Cile e Argentina e cercò di annettere territori verso nord in quello che oggi è l'Ecuador e la Colombia meridionale.Come Sapa Inca, costruì anche osservatori astronomici in Ecuador come Ingapirca.Wayna Qhapaq sperava di stabilire una roccaforte settentrionale nella città di Tumebamba, in Ecuador, dove viveva il popolo Cañari.Rovine della città Inca di Pumpu.Wayna Qhapaq era solito trascorrere del tempo rilassandosi nel vicino lago Chinchay Cocha collegato alla città da un fiume.In Ecuador, precedentemente noto come Regno di Quito, Wayna Qhapaq assorbì la Confederazione di Quito nell'Impero Inca dopo aver sposato la regina di Quito Paccha Duchicela Shyris XVI per fermare una guerra di lunga durata.Da questo matrimonio nacque Atawallpa (1502 d.C.) a Caranqui, Ecuador.Wayna Qhapaq morì nel 1524. Quando Wayna tornò a Quito aveva già contratto la febbre durante la campagna nell'attuale Colombia (anche se alcuni storici lo contestano), probabilmente derivante dall'introduzione di malattie europee come il morbillo o il vaiolo.