Dopo la caduta dell'Impero Inca, molti aspetti della cultura Inca furono sistematicamente distrutti, compreso il loro sofisticato sistema agricolo, noto come modello di agricoltura dell'arcipelago verticale.I funzionari coloniali spagnoli usavano il sistema di lavoro Inca mita corvée per scopi coloniali, a volte brutalmente.Un membro di ogni famiglia era costretto a lavorare nelle miniere d'oro e d'argento, la più importante delle quali era la titanica miniera d'argento di Potosí.Quando un membro della famiglia moriva, cosa che di solito accadeva entro uno o due anni, la famiglia doveva inviare un sostituto.Gli effetti del vaiolo sull'impero Inca furono ancora più devastanti.A partire dalla Colombia, il vaiolo si diffuse rapidamente prima che gli invasori spagnoli arrivassero nell'impero.La diffusione fu probabilmente aiutata dall'efficiente sistema stradale Inca.Il vaiolo è stata solo la prima epidemia.Altre malattie, tra cui una probabile epidemia di tifo nel 1546, influenza e vaiolo insieme nel 1558, vaiolo di nuovo nel 1589, difterite nel 1614 e morbillo nel 1618, devastarono il popolo Inca.Ci sarebbero stati periodici tentativi da parte dei leader indigeni di espellere i coloni spagnoli e ricreare l'Impero Inca fino alla fine del XVIII secolo.