Nel 1965, di fronte alle crescenti tensioni e per prevenire ulteriori conflitti, il primo ministro malese Tunku Abdul Rahman propose l'espulsione di Singapore dalla Malesia .Questa raccomandazione fu successivamente approvata dal Parlamento malese il 9 agosto 1965, con voto unanime a favore della separazione di Singapore.Lo stesso giorno, un emozionato Lee Kuan Yew, primo ministro di Singapore, ha annunciato la ritrovata indipendenza della città-stato.Contrariamente alla credenza popolare secondo cui Singapore fu espulsa unilateralmente, documenti recenti rivelano che le discussioni tra il People's Action Party (PAP) di Singapore e l'Alleanza della Malesia erano in corso dal luglio 1964. Lee Kuan Yew e Goh Keng Swee, un leader senior del PAP, orchestrarono la separazione in un modo che la presentava all’opinione pubblica come una decisione irrevocabile, con l’obiettivo di avvantaggiarla sia politicamente che economicamente.^[16]In seguito alla separazione, Singapore ha subito modifiche costituzionali che hanno trasformato la città-stato nella Repubblica di Singapore.Yusof Ishak, in precedenza Yang di-Pertuan Negara o rappresentante vicereale, è stato inaugurato come primo presidente di Singapore.Mentre il dollaro della Malesia e del Borneo britannico continuarono ad essere la valuta legale per un breve periodo, le discussioni su una valuta condivisa tra Singapore e la Malesia si tennero prima dell'eventuale introduzione del dollaro di Singapore nel 1967. ^[17] In Malesia, i seggi parlamentari precedentemente detenuti da Singapore furono riassegnati alla Malesia, il che alterò l'equilibrio di potere e influenza detenuto dagli stati di Sabah e Sarawak.La decisione di separare Singapore dalla Malesia è stata accolta con forti reazioni, in particolare da parte dei leader di Sabah e Sarawak.Questi leader hanno espresso sentimenti di tradimento e frustrazione per non essere stati consultati durante il processo di separazione. Il primo ministro del Sabah, Fuad Stephens, ha espresso profondo dolore in una lettera a Lee Kuan Yew, mentre leader come Ong Kee Hui del Sarawak United Peoples' Party hanno interrogato la logica stessa dell'esistenza della Malesia dopo la separazione.Nonostante queste preoccupazioni, il vice primo ministro malese Abdul Razak Hussein ha difeso la decisione, attribuendo la segretezza e l’urgenza della mossa al confronto in corso tra Indonesia e Malesia.^[18]