Il nuovo sultano stabilì una nuova capitale presso il fiume Johor e, da lì, continuò a tormentare i portoghesi nel nord.Lavorò costantemente insieme a suo fratello a Perak e al sultano di Pahang per riconquistare Malacca, che a quel tempo era protetta dal forte A Famosa.Nella parte settentrionale di Sumatra, intorno allo stesso periodo, il Sultanato di Aceh cominciava ad acquisire una notevole influenza sullo Stretto di Malacca.Con la caduta di Malacca in mano cristiana, i commercianti musulmani spesso abbandonarono Malacca in favore di Aceh o anche della capitale di Johor, Johor Lama (Kota Batu).Pertanto, Malacca e Aceh sono diventati concorrenti diretti.Con i portoghesi e lo Johor che si scontravano spesso, Aceh lanciò numerose incursioni contro entrambe le parti per rafforzare la presa sullo stretto.L'ascesa e l'espansione di Aceh incoraggiarono i portoghesi e Johor a firmare una tregua e rivolgere la loro attenzione ad Aceh.La tregua, tuttavia, fu di breve durata e con Aceh gravemente indebolito, Johor e i portoghesi si ritrovarono di nuovo nel mirino.Durante il regno del sultano Iskandar Muda, Aceh attaccò Johor nel 1613 e di nuovo nel ^[1615.]