Nel 1511, Malacca cadde in mano ai portoghesi e il sultano Mahmud Shah fu costretto a fuggire da Malacca.Il sultano fece diversi tentativi per riconquistare la capitale ma i suoi sforzi furono infruttuosi.I portoghesi si vendicarono e costrinsero il sultano a fuggire a Pahang.Successivamente, il sultano salpò per Bintan e vi stabilì una nuova capitale.Con una base stabilita, il sultano radunò le forze malesi in disordine e organizzò diversi attacchi e blocchi contro la posizione portoghese.Con sede a Pekan Tua, Sungai Telur, Johor, il sultanato di Johor fu fondato da Raja Ali Ibni Sultan Mahmud Melaka, noto come Sultan Alauddin Riayat Shah II (1528–1564), nel 1528. ^[53] Sebbene il sultano Alauddin Riayat Shah e il suo successore dovettero fronteggiare gli attacchi dei portoghesi a Malacca e degli acehnesi a Sumatra, riuscirono a mantenere il controllo sul Sultanato di Johor.Le frequenti incursioni su Malacca causarono gravi difficoltà ai portoghesi e contribuirono a convincere i portoghesi a distruggere le forze del sultano in esilio.Furono fatti numerosi tentativi per sopprimere i malesi, ma fu solo nel 1526 che i portoghesi rasero al suolo Bintan.Il sultano si ritirò quindi a Kampar a Sumatra e morì due anni dopo.Ha lasciato due figli di nome Muzaffar Shah e Alauddin Riayat Shah II.^[53] Muzaffar Shah continuò a fondare Perak mentre Alauddin Riayat Shah divenne il primo sultano di Johor.^[53]