Con la caduta della Malacca portoghese nel 1641 e il declino di Aceh dovuto al crescente potere degli olandesi, Johor iniziò a ristabilirsi come potenza lungo lo Stretto di Malacca durante il regno del sultano Abdul Jalil Shah III (1623–1677 ).^[55] La sua influenza si estese a Pahang, Sungei Ujong, Malacca, Klang e all'arcipelago di Riau.^[56] Durante la guerra triangolare, Jambi emerse anche come potenza economica e politica regionale a Sumatra.Inizialmente ci fu un tentativo di alleanza tra Johor e Jambi con la promessa di matrimonio tra l'erede Raja Muda e la figlia del Pengeran di Jambi.Tuttavia, il Raja Muda sposò invece la figlia del Laksamana Abdul Jamil che, preoccupato per la diluizione del potere derivante da tale alleanza, offrì invece sua figlia in matrimonio.^[57] L'alleanza quindi si ruppe e ne seguì una guerra di 13 anni tra Johor e lo stato di Sumatra a partire dal 1666. La guerra fu disastrosa per Johor poiché la capitale di Johor, Batu Sawar, fu saccheggiata da Jambi nel 1673. Il Sultano fuggì a Pahang e morì quattro anni dopo.Il suo successore, Sultan Ibrahim (1677–1685), si avvalse quindi dell'aiuto dei Bugis nella lotta per sconfiggere Jambi.^[56] Johor alla fine prevalse nel 1679, ma finì anche in una posizione indebolita poiché i Bugis si rifiutarono di tornare a casa e anche i Minangkabaus di Sumatra iniziarono ad affermare la loro influenza.^[57]