L'ultimo sultano della dinastia Malaccana, Sultan Mahmud Shah II, era noto per il suo comportamento irregolare, che rimase in gran parte incontrollato dopo la morte di Bendehara Habib e la successiva nomina di Bendahara Abdul Jalil.Questo comportamento culminò con il Sultano che ordinò l'esecuzione della moglie incinta di un nobile per un'infrazione minore.Per rappresaglia, il Sultano fu ucciso dal nobile offeso, lasciando il trono vacante nel 1699. Gli Orang Kayas, consiglieri del sultano, si rivolsero a Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong di Muar, che suggerì che Bendahara Abdul Jalil ereditasse il trono.Tuttavia, la successione fu accolta con un certo malcontento, in particolare da parte degli Orang Laut.Durante questo periodo di instabilità, due gruppi dominanti a Johor, i Bugis e i Minangkabau, videro un'opportunità per esercitare il potere.Il Minangkabau presentò Raja Kecil, un principe che affermava di essere il figlio postumo del sultano Mahmud II.Con la promessa di ricchezza e potere, i Bugis inizialmente sostenevano Raja Kecil.Tuttavia, Raja Kecil li tradì e si incoronò sultano di Johor senza il loro consenso, provocando la fuga del precedente sultano Abdul Jalil IV e alla fine assassinato.Per ritorsione, i Bugis unirono le forze con Raja Sulaiman, il figlio del sultano Abdul Jalil IV, portando alla detronizzazione di Raja Kecil nel 1722. Mentre Raja Sulaiman ascese al trono, fu fortemente influenzato dai Bugis, che, in effetti, governarono Johor.Durante il regno del sultano Sulaiman Badrul Alam Shah a metà del XVIII secolo, i Bugis esercitarono un controllo significativo sull'amministrazione di Johor.La loro influenza crebbe così sostanziale che nel 1760 varie famiglie Bugis si erano sposate con la stirpe reale di Johor, consolidando ulteriormente il loro dominio.Sotto la loro guida, Johor ha sperimentato una crescita economica, sostenuta dall’integrazione dei commercianti cinesi.Tuttavia, verso la fine del XVIII secolo, Engkau Muda della fazione Temenggong iniziò a rivendicare il potere, ponendo le basi per la futura prosperità del sultanato sotto la guida di Temenggong Abdul Rahman e dei suoi discendenti.