Dopo l'occupazione elamita di Babilonia, la regione vide cambiamenti politici significativi, a partire da Marduk-kabit-ahheshu che fondò la IV dinastia di Babilonia intorno al 1155 a.C.Questa dinastia, originaria di Isin, era nota per essere la prima dinastia della Mesopotamia meridionale di lingua accadica nativa a governare Babilonia.Marduk-kabit-ahheshu, solo il secondo nativo mesopotamico dopo il re assiro Tukulti-Ninurta I a governare Babilonia, espulse con successo gli Elamiti e impedì una rinascita kassita.Il suo regno vide anche un conflitto con l'Assiria, catturando Ekallatum prima di essere sconfitto da Ashur-Dan I.Itti-Marduk-balatu, succedendo a suo padre nel 1138 a.C., respinse gli attacchi elamiti durante il suo regno di 8 anni.I suoi tentativi di assaltare l'Assiria, tuttavia, finirono con un fallimento contro l'ancora regnante Ashur-Dan I. Ninurta-nadin-shumi, salendo al trono nel 1127 aEV, intraprese anche campagne militari contro l'Assiria.Il suo ambizioso assalto alla città assira di Arbela si concluse con la sconfitta da parte di Assur-resh-ishi I, che poi impose un trattato favorevole all'Assiria.Nabucodonosor I (1124–1103 aEV), il sovrano più famoso di questa dinastia, ottenne vittorie significative contro Elam, riconquistando territori e la sacra statua di Marduk.Nonostante il suo successo contro Elam, dovette affrontare numerose sconfitte da parte di Ashur-resh-ishi I nel tentativo di espandersi nei territori precedentemente controllati dagli Ittiti.Gli ultimi anni di Nabucodonosor I furono concentrati sulla costruzione e sulla fortificazione dei confini di Babilonia.Nabucodonosor I fu seguito da Enlil-nadin-apli (1103–1100 aEV) e Marduk-nadin-ahhe (1098–1081 aEV), entrambi impegnati in conflitti con l'Assiria.I successi iniziali di Marduk-nadin-ahhe furono oscurati dalle schiaccianti sconfitte di Tiglath-Pileser I, che portarono a sostanziali perdite territoriali e alla carestia a Babilonia.Marduk-shapik-zeri (circa 1072 a.C.) riuscì a firmare un trattato di pace con l'Assiria, ma il suo successore, Kadašman-Buriaš, dovette affrontare l'ostilità assira, con conseguente dominazione assira fino al 1050 a.C. circa.I successivi governanti babilonesi come Marduk-ahhe-eriba e Marduk-zer-X furono essenzialmente vassalli dell'Assiria.Il declino dell'impero medio-assiro intorno al 1050 a.C., a causa di lotte interne e conflitti esterni, permise a Babilonia una tregua dal controllo assiro.Tuttavia, questo periodo vide anche l'incursione di popolazioni nomadi semitiche occidentali, in particolare Aramei e Sutei, che si stabilirono in gran parte del territorio babilonese, indicando le vulnerabilità politiche e militari della regione.