Quando Istieo seppe della caduta di Mileto, sembra che si fosse nominato capo della resistenza contro la Persia .Partendo da Bisanzio con la sua forza di Lesbi, salpò per Chios.I Chiani si rifiutarono di riceverlo, così attaccò e distrusse i resti della flotta di Chio.Paralizzati dalle due sconfitte in mare, i Chiani acconsentirono quindi alla guida di Istieo.Istieo raccolse ora una grande forza di Ioni ed Eoli e andò ad assediare Taso.Tuttavia, ricevette poi la notizia che la flotta persiana stava partendo da Mileto per attaccare il resto della Ionia, quindi tornò rapidamente a Lesbo.Per nutrire il suo esercito, condusse spedizioni di foraggiamento sulla terraferma vicino ad Atarneus e Myus.Una grande forza persiana al comando di Arpago era nella zona e alla fine intercettò una spedizione di foraggiamento vicino a Malene.La battaglia che ne seguì fu combattuta duramente, ma fu conclusa da una carica di cavalleria persiana riuscita, che sbaragliava la linea greca.Lo stesso Istieo si arrese ai Persiani, pensando che sarebbe riuscito a convincere Dario a ottenere la grazia.Tuttavia, fu invece portato da Artaferne, che, pienamente consapevole del passato tradimento di Istieo, lo impalò e poi inviò la sua testa imbalsamata a Dario.La flotta e l'esercito persiano svernarono a Mileto, prima di partire nel 493 a.C. per spegnere finalmente le ultime braci della rivolta.Attaccarono e catturarono le isole di Chios, Lesbo e Tenedo.In ciascuno di essi crearono una "rete umana" di truppe e attraversarono l'intera isola per stanare eventuali ribelli nascosti.Poi si trasferirono sulla terraferma e catturarono ciascuna delle restanti città della Ionia, cercando allo stesso modo eventuali ribelli rimasti.Anche se le città della Ionia furono senza dubbio straziate in seguito, nessuna sembra aver subito lo stesso destino di Mileto.Erodoto dice che i persiani sceglievano i ragazzi più belli di ogni città e li castravano, sceglievano le ragazze più belle e le mandavano nell'harem del re, e poi bruciavano i templi delle città.Anche se questo è forse vero, Erodoto probabilmente esagera anche la portata della devastazione. In pochi anni, le città erano più o meno tornate alla normalità e furono in grado di equipaggiare una grande flotta per la seconda invasione persiana della Grecia, a soli 13 anni. anni dopo.L'esercito persiano riconquistò quindi gli insediamenti sulla sponda asiatica del Propontide, mentre la flotta persiana risalì la costa europea dell'Ellesponto, conquistando a turno ogni insediamento.Con tutta l'Asia Minore ormai saldamente tornata sotto il dominio persiano, la rivolta era finalmente finita.