Con la sconfitta della flotta ionica nella battaglia di Lade, la rivolta terminò di fatto.Mileto fu investita da vicino, i Persiani "minarono le mura e usarono ogni espediente contro di essa, finché non la catturarono completamente".Secondo Erodoto, la maggior parte degli uomini furono uccisi e le donne e i bambini furono ridotti in schiavitù.Le prove archeologiche lo confermano parzialmente, mostrando segni diffusi di distruzione e abbandono di gran parte della città all'indomani di Lade.Tuttavia, alcuni Milesi rimasero (o tornarono rapidamente a) Mileto, sebbene la città non avrebbe mai riconquistato la sua antica grandezza.Mileto fu quindi teoricamente "lasciato vuoto di Milesiani";i Persiani presero per sé la città e il territorio costiero e cedettero il resto del territorio milesio ai Cari di Pedaso.I Milesi prigionieri furono condotti davanti a Dario a Susa, che li stabilì ad "Ampé" sulla costa del Golfo Persico, vicino alla foce del Tigri.Molti Sami rimasero sconvolti dalle azioni dei loro generali a Lade e decisero di emigrare prima che il loro vecchio tiranno, Eace di Samo, tornasse a governarli.Accettarono l'invito degli abitanti di Zancle a stabilirsi sulle coste della Sicilia, e portarono con sé i Milesi che erano riusciti a sfuggire ai Persiani.La stessa Samo fu risparmiata dalla distruzione da parte dei Persiani a causa della defezione di Samo a Lade.La maggior parte della Caria ora si arrese ai persiani, anche se alcune roccaforti dovettero essere catturate con la forza.