Tra la fine del diciottesimo e l'inizio del diciannovesimo secolo, lo shogunato mostrò segni di indebolimento.La drammatica crescita dell'agricoltura che aveva caratterizzato il primo periodo Edo era terminata e il governo gestì male le devastanti carestie di Tenpō.I disordini contadini sono cresciuti e le entrate del governo sono diminuite.Lo shogunato ha tagliato la paga dei samurai già in difficoltà finanziarie, molti dei quali hanno svolto lavori secondari per guadagnarsi da vivere.I samurai scontenti avrebbero presto svolto un ruolo importante nell'ingegnerizzazione della caduta dello shogunato Tokugawa.L'arrivo nel 1853 di una flotta di navi americane comandate dal commodoro Matthew C. Perry gettò nel caos il Giappone.Il governo degli Stati Uniti mirava a porre fine alle politiche isolazioniste del Giappone.Lo shogunato non aveva alcuna difesa contro le cannoniere di Perry e dovette accettare le sue richieste che alle navi americane fosse permesso di acquistare provviste e commerciare nei porti giapponesi.Le potenze occidentali imposero al Giappone quelli che divennero noti come "trattati ineguali" che stabilivano che il Giappone doveva consentire ai cittadini di questi paesi di visitare o risiedere sul territorio giapponese e non doveva imporre tariffe sulle loro importazioni o processarli nei tribunali giapponesi.L'incapacità dello shogunato di opporsi alle potenze occidentali fece arrabbiare molti giapponesi, in particolare quelli dei domini meridionali di Chōshū e Satsuma.Molti samurai lì, ispirati dalle dottrine nazionaliste della scuola kokugaku, adottarono lo slogan di sonnō jōi ("riverisci l'imperatore, espelle i barbari").I due domini hanno continuato a formare un'alleanza.Nell'agosto 1866, subito dopo essere diventato shogun, Tokugawa Yoshinobu, lottò per mantenere il potere mentre continuavano i disordini civili.I domini Chōshū e Satsuma nel 1868 convinsero il giovane imperatore Meiji ei suoi consiglieri a emettere un rescritto che chiedeva la fine dello shogunato Tokugawa.Gli eserciti di Chōshū e Satsuma marciarono presto su Edo e la conseguente Guerra Boshin portò alla caduta dello shogunato.Bakumatsu furono gli ultimi anni del periodo Edo, quando finì lo shogunato Tokugawa.La principale divisione ideologico-politica durante questo periodo era tra i nazionalisti filo-imperiali chiamati ishin shishi e le forze dello shogunato, che includevano gli spadaccini d'élite shinsengumi.Il punto di svolta del Bakumatsu fu durante la guerra Boshin e la battaglia di Toba-Fushimi, quando le forze pro-shogunato furono sconfitte.