Nikephoros entrò in conflitto con l'imperatore Michele nel 1078 quando implorò l'imperatore di affrontare il peggioramento della situazione nell'Anatolia bizantina, insultando Michele con la sua franchezza.Per proteggersi, Nikephoros radunò un esercito di truppe indigene e mercenari turchi e si dichiarò imperatore nel luglio o nell'ottobre del 1077. Nikephoros raccolse una forte base di sostegno grazie al suo acume militare e alla fama familiare e fu successivamente riconosciuto dal Senato bizantino il 7 gennaio 1078, dopo di che salì al trono con l'aiuto dei cittadini di Costantinopoli.Come imperatore, Nikephoros dovette affrontare numerose rivolte, comprese quelle di Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes e Constantine Doukas, nonché un tentato assassinio da parte della Guardia Varangiana .Nikephoros abbracciò le trappole di un imperatore, compiendo molti atti per aumentare la sua legittimità e il suo sostegno, come spendere ingenti somme in donatori per l'esercito e i suoi sostenitori, condonare tutti i debiti arretrati e istituire piccole riforme legali.Diplomaticamente, Nikephoros si assicurò la sottomissione di Theodore Gabras e Philaretos Brachamios, governatori rispettivamente di Trebisonda e Antiochia, che erano diventati de facto indipendenti dall'Impero bizantino a causa delle continue incursioni dei Selgiuchidi nell'Anatolia bizantina.