Il duca normanno Roberto il Guiscardo di Puglia si preparò a invadere l'impero bizantino nel 1081 con il pretesto di difendere la successione di Costantino Doukas, che era stato fidanzato con la figlia di Roberto, Elena;allo stesso tempo, i Selgiuchidi conquistarono la città di Cizico.Ad Alessio fu affidato un consistente esercito per sconfiggere la minaccia normanna, ma cospirò con il suo parente John Doukas per prendere invece il trono per se stesso.Alessio sollevò una ribellione contro Niceforo e fu in grado di circondare rapidamente Costantinopoli e metterla sotto assedio a causa della mancanza di un esercito difensivo.Nikeophoros non fu in grado di assicurarsi il sostegno né dei turchi selgiuchidi né di Nikephoros Melissenos, i suoi rivali tradizionali, e quindi fu costretto a prepararsi ad abdicare.Nikephoros decise che la sua unica scelta era abdicare in favore di Melissenos, che era vicino a Damalis in Anatolia, e gli inviò messaggeri attraverso il Bosforo;tuttavia, questi messaggeri furono intercettati da Giorgio Paleologo, un generale di Alessio, che li convinse a sostenere Alessio.Alessio e le sue forze sfondarono le mura di Costantinopoli il 1 aprile 1081 e saccheggiarono la città;Il patriarca Cosma convinse Niceforo ad abdicare ad Alessio piuttosto che prolungare la guerra civile.Nikephoros quindi fuggì alla Basilica di Santa Sofia e cercò rifugio al suo interno.Michele, il logoteta di Alessio, allora scortò Niceforo al Monastero di Peribleptus, dove abdicò e divenne monaco.Morì più tardi quell'anno.