Vicino alla città di Sharpsburg, Lee ha schierato le sue forze disponibili dietro Antietam Creek lungo un basso crinale, a partire dal 15 settembre. Sebbene fosse un'efficace posizione difensiva, non era inespugnabile.Il terreno forniva un'ottima copertura per i fanti, con recinzioni di rotaie e pietre, affioramenti di calcare, piccole cavità e gole.Il torrente davanti a loro era solo una barriera minore, larga da 60 a 100 piedi (18-30 m), ed era guadabile in alcuni punti e attraversata da tre ponti di pietra ciascuno a un miglio (1,5 km) di distanza.Era anche una posizione precaria perché la retroguardia confederata era bloccata dal fiume Potomac e un solo punto di attraversamento, Boteler's Ford a Shepherdstown, era nelle vicinanze se fosse stata necessaria la ritirata.(Il guado a Williamsport, nel Maryland, si trovava a 10 miglia (16 km) a nord-ovest da Sharpsburg ed era stato utilizzato da Jackson nella sua marcia verso Harpers Ferry. La disposizione delle forze dell'Unione durante la battaglia rendeva poco pratico considerare la ritirata in quella direzione.) E il 15 settembre, la forza sotto il comando immediato di Lee era composta da non più di 18.000 uomini, solo un terzo delle dimensioni dell'esercito federale.^[7]Le prime due divisioni dell'Unione arrivarono nel pomeriggio del 15 settembre e il grosso del resto dell'esercito quella sera tardi.Sebbene un attacco immediato dell'Unione la mattina del 16 settembre avrebbe avuto un enorme vantaggio numerico, la cautela tipica di McClellan e la sua convinzione che Lee avesse fino a 100.000 uomini a Sharpsburg gli fecero ritardare il suo attacco di un giorno.^[8] Ciò diede ai Confederati più tempo per preparare le posizioni difensive e permise al corpo di Longstreet di arrivare da Hagerstown e al corpo di Jackson, meno la divisione di AP Hill, di arrivare da Harpers Ferry.Jackson difendeva il fianco sinistro (settentrionale), ancorato al Potomac, Longstreet il fianco destro (meridionale), ancorato all'Antietam, una linea lunga circa 4 miglia (6 km).(Man mano che la battaglia procedeva e Lee spostava le unità, i confini di questi corpi si sovrapponevano considerevolmente.) ^[9]La sera del 16 settembre, McClellan ordinò al I Corpo di Hooker di attraversare Antietam Creek e sondare le posizioni nemiche.La divisione di Meade attaccò cautamente le truppe di Hood vicino a East Woods.Dopo il calare dell'oscurità, il fuoco dell'artiglieria continuò mentre McClellan posizionava le sue truppe per i combattimenti del giorno successivo.Il piano di McClellan era quello di sopraffare il fianco sinistro del nemico.È arrivato a questa decisione a causa della configurazione dei ponti sull'Antietam.Il ponte inferiore (che presto sarebbe stato chiamato Burnside Bridge) era dominato dalle posizioni confederate sulle scogliere che lo sovrastavano.Il ponte centrale, sulla strada da Boonsboro, era soggetto al fuoco dell'artiglieria dalle alture vicino a Sharpsburg.Ma il ponte superiore si trovava a 2 miglia (3 km) a est dei cannoni confederati e poteva essere attraversato in sicurezza.McClellan prevedeva di impegnare più della metà del suo esercito nell'assalto, iniziando con due corpi, supportati da un terzo e, se necessario, da un quarto.Intendeva lanciare un attacco diversivo simultaneo contro la destra confederata con un quinto corpo, ed era pronto a colpire il centro con le sue riserve se uno dei due attacchi avesse avuto successo.^[10] La scaramuccia nell'East Woods servì a segnalare le intenzioni di McClellan a Lee, che preparò le sue difese di conseguenza.Ha spostato gli uomini sul fianco sinistro e ha inviato messaggi urgenti ai suoi due comandanti che non erano ancora arrivati ​​sul campo di battaglia: Lafayette McLaws con due divisioni e AP Hill con una divisione.^[11]