Pada tahun 1489, pasukan Kristen memulai pengepungan yang sangat lama di Baza, benteng terpenting yang tersisa di al-Zagal.Baza sangat dapat dipertahankan karena mengharuskan orang Kristen untuk membagi pasukan mereka, dan artileri tidak banyak berguna untuk melawannya.Memasok tentara menyebabkan kekurangan anggaran yang sangat besar bagi Kastilia.Ancaman perampasan jabatan sesekali diperlukan untuk mempertahankan tentara di lapangan, dan Isabella datang secara pribadi ke pengepungan untuk membantu menjaga moral para bangsawan dan tentara.Setelah enam bulan, al-Zagal menyerah, meskipun garnisunnya sebagian besar masih tidak terluka;dia telah menjadi yakin bahwa orang-orang Kristen serius untuk mempertahankan pengepungan selama mungkin, dan perlawanan lebih lanjut tidak berguna tanpa harapan akan kelegaan, yang tidak ada tanda-tandanya.Baza diberikan persyaratan penyerahan yang murah hati, tidak seperti Málaga.