Orang Spanyol melantik saudara laki-laki Atahualpa, Manco Inca Yupanqui, untuk berkuasa;untuk beberapa waktu Manco bekerja sama dengan Spanyol saat mereka berjuang untuk menghentikan perlawanan di utara.Sementara itu, rekanan Pizarro, Diego de Almagro, berusaha mengklaim Cusco.Manco mencoba menggunakan perseteruan intra-Spanyol ini untuk keuntungannya, merebut kembali Cusco pada tahun 1536, tetapi Spanyol merebut kembali kota itu setelahnya.Manco Inca kemudian mundur ke pegunungan Vilcabamba dan mendirikan Negara Neo-Inca kecil, di mana dia dan penerusnya memerintah selama 36 tahun lagi, terkadang menyerbu Spanyol atau memicu pemberontakan melawan mereka.