Pada tahun 1965, menghadapi meningkatnya ketegangan dan untuk mencegah konflik lebih lanjut, Perdana Menteri Malaysia Tunku Abdul Rahman mengusulkan pengusiran Singapura dari Malaysia .Rekomendasi ini kemudian disetujui oleh Parlemen Malaysia pada tanggal 9 Agustus 1965, dengan suara bulat mendukung pemisahan Singapura.Pada hari yang sama, Lee Kuan Yew, Perdana Menteri Singapura yang emosional, mengumumkan kemerdekaan baru negara kota tersebut.Bertentangan dengan anggapan umum bahwa Singapura diusir secara sepihak, dokumen terbaru mengungkapkan bahwa diskusi antara Partai Aksi Rakyat (PAP) Singapura dan Aliansi Malaysia telah berlangsung sejak Juli 1964. Lee Kuan Yew dan Goh Keng Swee, pemimpin senior PAP, mengatur hal tersebut. pemisahan tersebut dengan cara yang menampilkannya sebagai keputusan yang tidak dapat dibatalkan oleh publik, dengan tujuan untuk mendapatkan keuntungan baik secara politik maupun ekonomi.^[16]Setelah pemisahan tersebut, Singapura menjalani amandemen konstitusi yang mengubah negara kota tersebut menjadi Republik Singapura.Yusof Ishak, yang sebelumnya adalah Yang di-Pertuan Negara atau wakil raja, dilantik sebagai Presiden pertama Singapura.Meskipun dolar Malaya dan dolar Kalimantan Britania tetap menjadi mata uang resmi untuk jangka waktu yang singkat, diskusi tentang mata uang bersama antara Singapura dan Malaysia diadakan sebelum dolar Singapura akhirnya diperkenalkan pada tahun 1967. ^[17] Di Malaysia, kursi parlemen sebelumnya dipegang oleh Singapura dipindahkan ke Malaya, yang mengubah keseimbangan kekuasaan dan pengaruh yang dimiliki oleh negara bagian Sabah dan Sarawak.Keputusan untuk memisahkan Singapura dari Malaysia mendapat reaksi keras, terutama dari para pemimpin di Sabah dan Sarawak.Para pemimpin ini mengungkapkan perasaan pengkhianatan dan frustrasi karena tidak diajak berkonsultasi selama proses pemisahan. Ketua Menteri Sabah, Fuad Stephens, mengungkapkan kesedihan mendalam dalam suratnya kepada Lee Kuan Yew, sementara para pemimpin seperti Ong Kee Hui dari Partai Persatuan Rakyat Sarawak mempertanyakan alasan utama keberadaan Malaysia pasca pemisahan.Terlepas dari kekhawatiran ini, Wakil Perdana Menteri Malaysia Abdul Razak Hussein mempertahankan keputusan tersebut, dan menghubungkan kerahasiaan dan urgensi tindakan tersebut dengan Konfrontasi Indonesia-Malaysia yang sedang berlangsung.^[18]