Meskipun masa peralihan pemerintahan setelah jatuhnya Kekaisaran Pagan berlangsung selama 250 tahun (1287–1555), masa peralihan setelah jatuhnya Taungoo Pertama relatif berumur pendek.Salah satu putra Bayinnaung, Nyaungyan Min, segera memulai upaya reunifikasi, dan berhasil memulihkan otoritas pusat atas Burma Hulu dan negara bagian Shan pada tahun 1606. Penggantinya Anaukpetlun mengalahkan Portugis di Thanlyin pada tahun 1613. Ia memulihkan pesisir Tanintharyi bagian atas ke Dawei dan Lan Na dari Siam pada tahun 1614. Ia juga merebut negara bagian trans-Salween Shan (Kengtung dan Sipsongpanna) pada tahun 1622–26.Saudaranya Thalun membangun kembali negara yang dilanda perang.Dia memerintahkan sensus pertama dalam sejarah Burma pada tahun 1635, yang menunjukkan bahwa kerajaan tersebut memiliki sekitar dua juta orang.Pada tahun 1650, tiga raja yang cakap – Nyaungyan, Anaukpetlun, dan Thalun – telah berhasil membangun kembali kerajaan yang lebih kecil namun jauh lebih mudah dikelola.Yang lebih penting lagi, dinasti baru ini terus menciptakan sistem hukum dan politik yang ciri-ciri dasarnya akan terus berlanjut di bawah dinasti Konbaung hingga abad ke-19.Mahkota sepenuhnya menggantikan jabatan kepala suku secara turun-temurun dengan jabatan gubernur yang ditunjuk di seluruh lembah Irrawaddy, dan sangat mengurangi hak turun-temurun para kepala suku Shan.Hal ini juga mengekang pertumbuhan kekayaan dan otonomi biara yang berkelanjutan, sehingga memberikan basis pajak yang lebih besar.Reformasi perdagangan dan administrasi sekulernya membangun perekonomian yang makmur selama lebih dari 80 tahun.^[55] Kecuali beberapa pemberontakan yang sesekali terjadi dan perang eksternal—Burma mengalahkan upaya Siam untuk merebut Lan Na dan Mottama pada tahun 1662–1664—kerajaan ini sebagian besar dalam keadaan damai selama sisa abad ke-17.Kerajaan tersebut mengalami kemunduran secara bertahap, dan otoritas "raja istana" merosot dengan cepat pada tahun 1720-an.Sejak tahun 1724 dan seterusnya, orang Meitei mulai menyerbu hulu Sungai Chindwin.Pada tahun 1727, Lan Na bagian selatan (Chiang Mai) berhasil memberontak, meninggalkan Lan Na bagian utara (Chiang Saen) di bawah kekuasaan Burma yang semakin nominal.Penggerebekan Meitei semakin intensif pada tahun 1730-an, menjangkau wilayah yang semakin dalam di Burma tengah.Pada tahun 1740, Mon di Burma Hilir memulai pemberontakan, dan mendirikan Kerajaan Hanthawaddy yang Dipulihkan, dan pada tahun 1745 menguasai sebagian besar Burma Hilir.Orang Siam juga memindahkan otoritas mereka ke pantai Tanintharyi pada tahun 1752. Hanthawaddy menginvasi Burma Atas pada bulan November 1751, dan merebut Ava pada tanggal 23 Maret 1752, mengakhiri dinasti Taungoo yang berusia 266 tahun.