Dengan jatuhnya Malaka Portugis pada tahun 1641 dan jatuhnya Aceh karena meningkatnya kekuatan Belanda, Johor mulai memantapkan kembali dirinya sebagai kekuatan di sepanjang Selat Malaka pada masa pemerintahan Sultan Abdul Jalil Shah III (1623–1677). ).^[55] Pengaruhnya meluas ke Pahang, Sungei Ujong, Malaka, Klang dan Kepulauan Riau.^[56] Selama perang segitiga, Jambi juga muncul sebagai kekuatan ekonomi dan politik regional di Sumatera.Awalnya ada upaya aliansi antara Johor dan Jambi dengan janji pernikahan antara pewaris Raja Muda dan putri Pengeran Jambi.Namun, Raja Muda malah menikahi putri Laksamana Abdul Jamil yang, karena khawatir akan melemahnya kekuasaan dari aliansi tersebut, malah menawarkan putrinya sendiri untuk dinikahi.^[57] Aliansi tersebut kemudian pecah, dan perang selama 13 tahun kemudian terjadi antara Johor dan negara Sumatra yang dimulai pada tahun 1666. Perang tersebut merupakan bencana bagi Johor karena ibu kota Johor, Batu Sawar, dijarah oleh Jambi pada tahun 1673. Sultan melarikan diri ke Pahang dan meninggal empat tahun kemudian.Penggantinya, Sultan Ibrahim (1677–1685), kemudian meminta bantuan suku Bugis dalam perjuangan mengalahkan Jambi.^[56] Johor akhirnya menang pada tahun 1679, namun juga berakhir dengan posisi lemah karena orang Bugis menolak pulang, dan Minangkabau di Sumatra juga mulai menegaskan pengaruh mereka.^[57]