Sultan terakhir Dinasti Malaka, Sultan Mahmud Shah II, dikenal karena perilakunya yang tidak menentu, yang sebagian besar tidak terkendali setelah kematian Bendehara Habib dan penunjukan Bendahara Abdul Jalil.Perilaku ini memuncak ketika Sultan memerintahkan eksekusi istri bangsawan yang sedang hamil karena pelanggaran kecil.Sebagai pembalasan, Sultan dibunuh oleh bangsawan yang dirugikan, meninggalkan takhta kosong pada tahun 1699. Orang Kaya, penasihat sultan, berpaling ke Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong dari Muar, yang menyarankan agar Bendahara Abdul Jalil mewarisi takhta.Namun suksesi tersebut mendapat sejumlah ketidakpuasan, terutama dari Orang Laut.Selama periode ketidakstabilan ini, dua kelompok dominan di Johor—Bugis dan Minangkabau—melihat peluang untuk memegang kekuasaan.Minangkabau memperkenalkan Raja Kecil, seorang pangeran yang mengaku sebagai putra anumerta Sultan Mahmud II.Dengan janji kekayaan dan kekuasaan, awalnya masyarakat Bugis mendukung Raja Kecil.Namun, Raja Kecil mengkhianati mereka dan menobatkan dirinya sebagai Sultan Johor tanpa persetujuan mereka, menyebabkan Sultan Abdul Jalil IV sebelumnya melarikan diri dan akhirnya dibunuh.Sebagai pembalasan, orang Bugis bergabung dengan Raja Sulaiman, putra Sultan Abdul Jalil IV, yang berujung pada turunnya tahta Raja Kecil pada tahun 1722. Saat Raja Sulaiman naik sebagai Sultan, ia menjadi sangat dipengaruhi oleh orang Bugis, yang sebenarnya memerintah Johor.Sepanjang masa pemerintahan Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah pada pertengahan abad ke-18, suku Bugis memegang kendali yang signifikan atas pemerintahan Johor.Pengaruh mereka tumbuh begitu besar sehingga pada tahun 1760, berbagai keluarga Bugis menikah dalam garis keturunan kerajaan Johor, sehingga semakin memperkuat dominasi mereka.Di bawah kepemimpinan mereka, Johor mengalami pertumbuhan ekonomi yang didukung oleh integrasi pedagang Tiongkok.Namun, pada akhir abad ke-18, Engkau Muda dari faksi Temenggong mulai merebut kembali kekuasaan, meletakkan dasar bagi kemakmuran masa depan kesultanan di bawah bimbingan Temenggong Abdul Rahman dan keturunannya.