Pada akhir abad ke-11, dinasti Kwarazmian mengambil alih kekuasaan atas Irak.Periode pemerintahan sekuler Turki dan kekhalifahan Abbasiyah diakhiri dengan invasi Mongol pada abad ke-13.^[51] Bangsa Mongol, yang dipimpin oleh Jenghis Khan, telah menaklukkan Khwarezmia pada tahun 1221. Namun, Irak mengalami jeda sementara karena kematian Jenghis Khan pada tahun 1227 dan perebutan kekuasaan berikutnya di dalam Kekaisaran Mongol.Möngke Khan, dari tahun 1251, menghidupkan kembali ekspansi Mongol, dan ketika Khalifah al-Mustasim menolak tuntutan Mongol, Bagdad menghadapi pengepungan yang dipimpin oleh Hulagu Khan pada tahun 1258.Pengepungan Bagdad, peristiwa penting dalam penaklukan Mongol, berlangsung selama 13 hari dari 29 Januari hingga 10 Februari 1258. Pasukan Ilkhanat Mongol, bersama sekutunya, mengepung, merebut, dan akhirnya menjarah Bagdad, ibu kota Kekhalifahan Abbasiyah pada saat itu. .Pengepungan ini mengakibatkan pembantaian sebagian besar penduduk kota, yang berpotensi mencapai ratusan ribu jiwa.Tingkat kehancuran perpustakaan kota dan isinya yang berharga masih menjadi topik perdebatan di kalangan sejarawan.Pasukan Mongol mengeksekusi Al-Musta'sim dan menyebabkan depopulasi dan kehancuran parah di Bagdad.Pengepungan ini secara simbolis menandai berakhirnya Zaman Keemasan Islam, suatu periode di mana para khalifah memperluas kekuasaan mereka dari Semenanjung Iberia hingga Sindh.