Agha Mohammad Khan, setelah muncul sebagai pemenang dari perang saudara setelah kematian raja Zand yang terakhir, fokus pada penyatuan kembali dan sentralisasi Iran.^[54] Pasca-Nader Shah dan era Zand, wilayah Kaukasia Iran telah membentuk berbagai khanat.Agha Mohammad Khan bertujuan untuk menggabungkan kembali wilayah-wilayah ini ke Iran, menganggapnya sebagai bagian integral dari wilayah daratan mana pun.Salah satu target utamanya adalah Georgia, yang ia anggap penting bagi kedaulatan Iran.Dia menuntut raja Georgia, Erekle II, membatalkan perjanjiannya pada tahun 1783 dengan Rusia dan menerima kembali kekuasaan Persia, yang ditolak oleh Erekle II.Sebagai tanggapan, Agha Mohammad Khan meluncurkan kampanye militer, berhasil menegaskan kembali kendali Iran atas berbagai wilayah Kaukasia, termasuk Armenia , Azerbaijan , Dagestan, dan Igdir saat ini.Ia menang dalam Pertempuran Krtsanisi, yang berujung pada penaklukan Tbilisi dan penaklukan kembali Georgia secara efektif.^[55]Pada tahun 1796, setelah kembali dari kampanye suksesnya di Georgia dan mengangkut ribuan tawanan Georgia ke Iran, Agha Mohammad Khan secara resmi dinobatkan sebagai Shah.Pemerintahannya dipersingkat karena pembunuhan pada tahun 1797 ketika merencanakan ekspedisi lain melawan Georgia.Setelah kematiannya, Rusia memanfaatkan ketidakstabilan regional.Pada tahun 1799, pasukan Rusia memasuki Tbilisi, dan pada tahun 1801, mereka secara efektif mencaplok Georgia.Ekspansi ini menandai dimulainya Perang Rusia-Persia (1804-1813 dan 1826–1828), yang akhirnya menyebabkan penyerahan wilayah timur Georgia, Dagestan, Armenia, dan Azerbaijan ke Rusia, sebagaimana diatur dalam Perjanjian Gulistan dan Turkmenchay.Dengan demikian, wilayah utara Sungai Aras, termasuk Azerbaijan, Georgia timur, Dagestan, dan Armenia, tetap menjadi bagian Iran hingga pendudukannya pada abad ke-19 oleh Rusia.^[56]Setelah Perang Rusia-Persia dan hilangnya wilayah yang luas di Kaukasus, terjadi pergeseran demografi yang signifikan.Perang tahun 1804–1814 dan 1826–1828 menyebabkan migrasi besar-besaran yang dikenal sebagai Muhajir Kaukasia ke daratan Iran.Gerakan ini mencakup berbagai kelompok etnis seperti Ayrum, Qarapapaq, Circassians, Shia Lezgins, dan Muslim Transkaukasia lainnya.^[57] Pasca Pertempuran Ganja pada tahun 1804, banyak suku Ayrum dan Qarapapaq yang dimukimkan kembali di Tabriz, Iran.Sepanjang perang tahun 1804–1813, dan kemudian selama konflik tahun 1826–1828, lebih banyak kelompok dari wilayah Rusia yang baru ditaklukkan bermigrasi ke Solduz di provinsi Azerbaijan Barat, Iran.^[58] Aktivitas militer Rusia dan masalah pemerintahan di Kaukasus mendorong sejumlah besar Muslim dan beberapa orang Kristen Georgia ke pengasingan di Iran.^[59]Dari tahun 1864 hingga awal abad ke-20, pengusiran lebih lanjut dan migrasi sukarela terjadi setelah kemenangan Rusia dalam Perang Kaukasia.Hal ini menyebabkan perpindahan tambahan Muslim Kaukasia, termasuk Azerbaijan, Muslim Transkaukasia lainnya, dan kelompok Kaukasia Utara seperti Sirkasia, Syiah Lezgins, dan Laks, menuju Iran dan Turki.^[57] Banyak dari para migran ini memainkan peran penting dalam sejarah Iran, membentuk bagian penting dari Brigade Cossack Persia yang didirikan pada akhir abad ke-19.^[60]Perjanjian Turkmenchay pada tahun 1828 juga memfasilitasi pemukiman kembali orang-orang Armenia dari Iran ke wilayah-wilayah yang baru dikuasai Rusia.^[61] Secara historis, orang-orang Armenia merupakan mayoritas di Armenia Timur namun menjadi minoritas setelah kampanye Timur dan dominasi Islam berikutnya.^[62] Invasi Rusia ke Iran semakin mengubah komposisi etnis, menyebabkan mayoritas orang Armenia di Armenia Timur pada tahun 1832. Pergeseran demografis ini semakin diperkuat setelah Perang Krimea dan Perang Rusia-Turki tahun 1877–1878.^[63]Selama periode ini, Iran mengalami peningkatan keterlibatan diplomatik Barat di bawah Fath Ali Shah.Cucunya, Mohammad Shah Qajar, yang dipengaruhi oleh Rusia, gagal merebut Herat.Naser al-Din Shah Qajar, menggantikan Mohammad Shah, adalah penguasa yang lebih sukses, mendirikan rumah sakit modern pertama di Iran.^[64]Kelaparan Besar di Persia pada tahun 1870–1871 merupakan peristiwa bencana yang mengakibatkan kematian sekitar dua juta orang.^[65] Periode ini menandai transisi signifikan dalam sejarah Persia, yang mengarah pada Revolusi Konstitusi Persia melawan Shah pada akhir abad ke-19 dan awal abad ke-20.Meskipun ada tantangan, Shah menyetujui konstitusi terbatas pada tahun 1906, mengubah Persia menjadi monarki konstitusional dan mengarah pada diadakannya Majlis (parlemen) pertama pada tanggal 7 Oktober 1906.Penemuan minyak pada tahun 1908 di Khuzestan oleh Inggris meningkatkan kepentingan asing di Persia, khususnya oleh Kerajaan Inggris (terkait dengan William Knox D'Arcy dan Perusahaan Minyak Anglo-Iran, sekarang BP).Periode ini juga ditandai dengan persaingan geopolitik antara Inggris dan Rusia atas Persia yang dikenal dengan The Great Game.Konvensi Inggris-Rusia tahun 1907 membagi Persia menjadi beberapa wilayah pengaruh, sehingga melemahkan kedaulatan nasionalnya.Selama Perang Dunia I , Persia diduduki oleh pasukan Inggris, Ottoman, dan Rusia tetapi sebagian besar tetap netral.Pasca Perang Dunia I dan Revolusi Rusia , Inggris berusaha mendirikan protektorat atas Persia, namun akhirnya gagal.Ketidakstabilan di Persia, yang disorot oleh gerakan Konstitusionalis Gilan dan melemahnya pemerintahan Qajar, membuka jalan bagi kebangkitan Reza Khan, yang kemudian menjadi Reza Shah Pahlavi, dan berdirinya dinasti Pahlavi pada tahun 1925. Kudeta militer penting tahun 1921, dipimpin oleh Reza Khan dari Brigade Cossack Persia dan Seyyed Zia'eddin Tabatabai, awalnya bertujuan untuk mengendalikan pejabat pemerintah daripada secara langsung menggulingkan monarki Qajar.^[66] Pengaruh Reza Khan tumbuh, dan pada tahun 1925, setelah menjabat sebagai perdana menteri, ia menjadi Shah pertama dari dinasti Pahlavi.