Setelah masa kekuasaan Romawi yang aman, dari tahun 320-an Pannonia kembali sering berperang dengan orang-orang Jermanik Timur dan Sarmatian di utara dan timur.Baik Vandal maupun Goth berbaris melalui provinsi, menyebabkan kehancuran besar.^[6] Setelah pembagian Kekaisaran Romawi, Pannonia tetap berada di bawah kekuasaan Kekaisaran Romawi Barat, meskipun distrik Sirmium sebenarnya lebih berada di lingkup pengaruh Timur.Saat penduduk Latin di provinsi itu melarikan diri dari serbuan barbar terus menerus, ^[7] kelompok Hun mulai muncul di tepi sungai Donau.Pada tahun 375 M, suku Hun nomaden mulai menyerang Eropa dari stepa timur, memicu Zaman Migrasi Besar.Pada tahun 380, suku Hun memasuki Hongaria saat ini, dan tetap menjadi faktor penting di wilayah tersebut hingga abad ke-5.Provinsi Pannonia menderita Periode Migrasi dari tahun 379 dan seterusnya, penyelesaian sekutu Goth-Alan-Hun menyebabkan krisis dan kehancuran serius yang berulang, orang-orang sezaman menggambarkannya sebagai keadaan pengepungan, Pannonia menjadi koridor invasi baik di utara maupun di Selatan.Pelarian dan emigrasi orang Romawi dimulai setelah dua dekade yang sulit pada tahun 401, hal ini juga menyebabkan resesi dalam kehidupan sekuler dan gerejawi.Kontrol Hun secara bertahap meluas ke Pannonia dari tahun 410, akhirnya Kekaisaran Romawi meratifikasi penyerahan Pannonia melalui perjanjian pada tahun 433. Pelarian dan emigrasi orang Romawi dari Pannonia berlanjut tanpa gangguan hingga invasi suku Avar.Suku Hun, memanfaatkan kepergian bangsa Goth, Quadi, dkk., menciptakan kerajaan yang signifikan pada tahun 423 yang berbasis di Hongaria.Pada tahun 453 mereka mencapai puncak ekspansi mereka di bawah penakluk terkenal, Attila the Hun.Kekaisaran runtuh pada tahun 455, ketika bangsa Hun dikalahkan oleh suku-suku tetangga Jermanik (seperti Quadi, Gepidi dan Sciri).