Bangsa Yunani bertahan di Peloponnese hingga tahun 1460, dan bangsa Venesia serta Genoa menguasai beberapa pulau, namun pada awal abad ke-16 seluruh daratan Yunani dan sebagian besar kepulauan Aegea dijajah oleh Kesultanan Utsmaniyah , kecuali beberapa kota pelabuhan yang masih berada di bawah kekuasaan Kesultanan Utsmaniyah. dipegang oleh orang Venesia (Nafplio, Monemvasia, Parga dan Methone yang paling penting di antara mereka).Kepulauan Cyclades, di tengah Laut Aegea, secara resmi dianeksasi oleh Ottoman pada tahun 1579, meskipun mereka berada dalam status bawahan sejak tahun 1530-an.Siprus jatuh pada tahun 1571, dan Venesia menguasai Kreta hingga tahun 1669. Kepulauan Ionia tidak pernah dikuasai oleh Ottoman, kecuali Kefalonia (dari tahun 1479 hingga 1481 dan dari tahun 1485 hingga 1500), dan tetap berada di bawah kekuasaan Republik Venesia. .Di Kepulauan Ionia inilah negara Yunani modern lahir, dengan berdirinya Republik Tujuh Pulau pada tahun 1800.Yunani Ottoman adalah masyarakat multietnis.Namun, gagasan multikulturalisme Barat modern, meskipun sekilas tampak sesuai dengan sistem millet, dianggap tidak sesuai dengan sistem Ottoman.Orang Yunani di satu sisi diberi hak istimewa dan kebebasan;di sisi lain, mereka dihadapkan pada tirani yang diakibatkan oleh malpraktik aparat administratif yang mana pemerintah pusat hanya mempunyai kendali yang jauh dan tidak lengkap.Ketika Ottoman tiba, terjadi dua migrasi Yunani.Migrasi pertama menyebabkan kaum intelektual Yunani bermigrasi ke Eropa Barat dan mempengaruhi munculnya Renaisans.Migrasi kedua mengharuskan orang-orang Yunani meninggalkan dataran semenanjung Yunani dan bermukim kembali di pegunungan.Sistem millet berkontribusi pada kohesi etnis Yunani Ortodoks dengan memisahkan berbagai bangsa di Kekaisaran Ottoman berdasarkan agama.Orang-orang Yunani yang tinggal di dataran selama pemerintahan Ottoman adalah orang-orang Kristen yang menghadapi beban pemerintahan asing atau orang-orang Kristen kripto (Muslim Yunani yang merupakan praktisi rahasia kepercayaan Ortodoks Yunani).Beberapa orang Yunani menjadi Kristen kripto untuk menghindari pajak yang besar dan pada saat yang sama mengekspresikan identitas mereka dengan mempertahankan hubungan mereka dengan Gereja Ortodoks Yunani.Namun, orang Yunani yang masuk Islam dan bukan Kristen kripto dianggap "Orang Turki" (Muslim) di mata orang Yunani Ortodoks, meskipun mereka tidak mengadopsi bahasa Turki.Ottoman menguasai sebagian besar Yunani hingga awal abad ke-19.Negara Hellenic yang pertama kali memiliki pemerintahan sendiri, sejak Abad Pertengahan, didirikan selama Perang Revolusi Perancis, pada tahun 1800, 21 tahun sebelum pecahnya revolusi Yunani di daratan Yunani.Itu adalah Republik Septinsular dengan Corfu sebagai ibu kotanya.