Ekspedisi Perancis ke Mesir , yang seolah-olah mendukung Porte Ottoman dan menekanMamluk , dipimpin oleh Napoleon Bonaparte.Proklamasi Bonaparte di Aleksandria menekankan kesetaraan, manfaat, dan penghormatan terhadap Islam, kontras dengan anggapan kaum Mamluk yang kurang memiliki kualitas-kualitas ini.Dia menjanjikan akses terbuka bagi seluruh warga Mesir untuk menduduki jabatan administratif dan menyarankan penggulingan otoritas kepausan untuk menunjukkan kepatuhan Prancis terhadap Islam.^[102]Namun, Mesir skeptis terhadap niat Perancis.Setelah kemenangan Prancis di Pertempuran Embabeh (Pertempuran Piramida), di mana pasukan Murad Bey dan Ibrahim Bey dikalahkan, sebuah dewan kota dibentuk di Kairo yang terdiri dari para syekh, Mamluk, dan anggota Prancis, yang sebagian besar bertugas untuk menegakkan keputusan Prancis.^[102]Ketangguhan Perancis dipertanyakan setelah kekalahan armada mereka pada Pertempuran Sungai Nil dan kegagalan di Mesir Hulu.Ketegangan meningkat dengan diberlakukannya pajak rumah, yang menyebabkan pemberontakan di Kairo pada bulan Oktober 1798. Jenderal Prancis Dupuy terbunuh, tetapi Bonaparte dan Jenderal Kléber dengan cepat meredam pemberontakan tersebut.Penggunaan Masjid Al-Azhar oleh Perancis sebagai kandang menimbulkan kebencian yang mendalam.^[102]Ekspedisi Bonaparte di Suriah pada tahun 1799 untuk sementara melemahkan kendali Prancis di Mesir.Sekembalinya, ia mengalahkan serangan gabungan oleh Murad Bey dan Ibrahim Bey, dan kemudian menghancurkan tentara Turki di Aboukir.Bonaparte kemudian meninggalkan Mesir, menunjuk Kléber sebagai penggantinya.^[102] Kléber menghadapi situasi genting.Setelah perjanjian awal untuk evakuasi Prancis dihalangi oleh Inggris, Kairo mengalami kerusuhan, yang diredam oleh Kléber.Ia bernegosiasi dengan Murad Bey, memberinya kendali atas Mesir Hulu, namun Kléber dibunuh pada bulan Juni 1800. ^[102]Jenderal Jacques-Francois Menou menggantikan Kléber, berusaha untuk memenangkan hati umat Islam tetapi mengasingkan orang Mesir dengan mendeklarasikan protektorat Perancis.Pada tahun 1801, pasukan Inggris dan Turki mendarat di Abu Qir, menyebabkan kekalahan Perancis.Jenderal Belliard menyerahkan Kairo pada bulan Mei, dan Menou menyerah di Alexandria pada bulan Agustus, mengakhiri pendudukan Prancis.^[102] Warisan abadi pendudukan Perancis adalah "Deskripsi de l'Egypte," sebuah studi rinci tentang Mesir oleh para sarjana Perancis, yang memberikan kontribusi signifikan pada bidang Egyptology.^[102]