Orang Spanyol membagi California menjadi dua bagian, Baja California dan Alta California, sebagai provinsi Spanyol Baru (Meksiko).Baja atau California bagian bawah terdiri dari Semenanjung Baja dan berakhir kira-kira di San Diego, California, di mana Alta California dimulai.Batas timur dan utara Alta California sangat tidak pasti, karena Spanyol, meskipun tidak memiliki kehadiran fisik dan pemukiman, pada dasarnya mengklaim segalanya di tempat yang sekarang menjadi Amerika Serikat bagian barat.Misi permanen pertama di Baja California, Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, didirikan pada 15 Oktober 1697, oleh pendeta Jesuit Juan Maria Salvatierra (1648–1717) ditemani oleh satu awak kapal kecil dan enam tentara.Setelah pembentukan Misi di Alta California setelah tahun 1769, Spanyol memperlakukan Baja California dan Alta California, yang dikenal sebagai Las Californias, sebagai satu unit administrasi dengan Monterey sebagai ibu kotanya, dan berada di bawah yurisdiksi Viceroyalty of New Spain yang berbasis di Meksiko Kota.Hampir semua misi di Baja California didirikan oleh anggota ordo Jesuit yang didukung oleh beberapa tentara.Setelah perselisihan kekuasaan antara Charles III dari Spanyol dan Jesuit, perguruan tinggi Jesuit ditutup dan Jesuit diusir dari Meksiko dan Amerika Selatan pada tahun 1767 dan dideportasi kembali ke Spanyol.Setelah pengusiran paksa ordo Jesuit, sebagian besar misi diambil alih oleh Fransiskan dan kemudian biarawan Dominikan.Kedua kelompok ini berada di bawah kendali langsung monarki Spanyol.Reorganisasi ini membuat banyak misi terbengkalai di Sonora Mexico dan Baja California.Kekhawatiran tentang intrusi pedagang Inggris dan Rusia ke koloni Spanyol di California mendorong perluasan misi Fransiskan ke Alta California, serta presidios.