Ketika Histiaeus mendengar tentang jatuhnya Miletus, dia sepertinya menunjuk dirinya sendiri sebagai pemimpin perlawanan terhadap Persia .Berangkat dari Byzantium dengan pasukan Lesbiannya, dia berlayar ke Chios.Bangsa Chian menolak menerimanya, jadi dia menyerang dan menghancurkan sisa-sisa armada Chian.Lumpuh karena dua kekalahan di laut, bangsa Chian kemudian menyetujui kepemimpinan Histiaeus.Histiaeus kini mengumpulkan kekuatan besar Ionia dan Aeolian dan pergi mengepung Thasos.Namun, ia kemudian menerima kabar bahwa armada Persia sedang berangkat dari Miletus untuk menyerang seluruh Ionia, sehingga ia segera kembali ke Lesbos.Untuk memberi makan pasukannya, dia memimpin ekspedisi mencari makan ke daratan dekat Atarneus dan Myus.Pasukan besar Persia di bawah Harpagus berada di daerah tersebut dan akhirnya mencegat satu ekspedisi mencari makan di dekat Malene.Pertempuran berikutnya berlangsung sengit, namun diakhiri dengan serangan kavaleri Persia yang sukses, mengalahkan garis pertahanan Yunani.Histiaeus sendiri menyerah kepada Persia, berpikir bahwa dia akan mampu meminta pengampunan dari Darius.Namun, dia malah dibawa ke Artaphernes, yang, menyadari sepenuhnya pengkhianatan Histiaeus di masa lalu, menusuknya dan kemudian mengirimkan kepalanya yang dibalsem ke Darius.Armada dan tentara Persia menghabiskan musim dingin di Miletus, sebelum berangkat pada tahun 493 SM untuk memadamkan bara terakhir pemberontakan.Mereka menyerang dan merebut pulau Chios, Lesbos, dan Tenedos.Di masing-masing pulau, mereka membuat 'jaring manusia' pasukan dan menyapu seluruh pulau untuk mengusir pemberontak yang bersembunyi.Mereka kemudian pindah ke daratan dan merebut setiap kota yang tersisa di Ionia, dan juga mencari pemberontak yang tersisa.Meskipun kota-kota di Ionia pasti terkena dampaknya, tampaknya tidak ada satu pun kota yang mengalami nasib seperti Miletus.Herodotus mengatakan bahwa orang Persia memilih anak laki-laki yang paling tampan dari setiap kota dan mengebiri mereka, dan memilih gadis yang paling cantik dan mengirim mereka ke harem raja, dan kemudian membakar kuil-kuil di kota tersebut.Meskipun hal ini mungkin benar, Herodotus juga mungkin melebih-lebihkan skala kehancurannya. Dalam beberapa tahun, kota-kota tersebut telah kembali normal dan mereka mampu memperlengkapi armada besar untuk invasi kedua Persia ke Yunani, hanya 13 bertahun-tahun kemudian.Tentara Persia kemudian menaklukkan kembali pemukiman di sisi Asia Propontis, sementara armada Persia berlayar ke pantai Eropa di Hellespont, merebut setiap pemukiman secara bergantian.Dengan seluruh Asia Kecil kini telah kembali ke kekuasaan Persia, pemberontakan akhirnya berakhir.