Dengan kekalahan armada Ionia pada Pertempuran Lade, pemberontakan secara efektif telah berakhir.Miletus dikuasai dengan ketat, Persia "menambang tembok dan menggunakan segala cara untuk melawannya, sampai mereka benar-benar merebutnya".Menurut Herodotus, sebagian besar laki-laki dibunuh, dan perempuan serta anak-anak diperbudak.Bukti arkeologis sebagian mendukung hal ini, menunjukkan tanda-tanda kehancuran yang meluas, dan ditinggalkannya sebagian besar kota setelah terjadinya Lade.Namun, beberapa warga Miletus tetap tinggal di (atau segera kembali ke) Miletus, meskipun kota tersebut tidak akan pernah mendapatkan kembali kehebatannya.Oleh karena itu, Miletus dianggap "kosong di antara orang-orang Miletus";bangsa Persia mengambil kota dan wilayah pesisir untuk diri mereka sendiri, dan memberikan sisa wilayah Milesian kepada bangsa Karia dari Pedasus.Orang-orang Milesia yang ditawan dibawa ke hadapan Darius di Susa, yang menempatkan mereka di "Ampé" di pantai Teluk Persia, dekat muara sungai Tigris.Banyak orang Sam yang terkejut dengan tindakan jenderal mereka di Lade, dan memutuskan untuk beremigrasi sebelum tiran lama mereka, Aeaces dari Samos, kembali memerintah mereka.Mereka menerima undangan dari penduduk Zancle untuk menetap di pantai Sisilia, dan membawa serta orang Milesian yang berhasil melarikan diri dari Persia.Samos sendiri terhindar dari kehancuran oleh Persia karena pembelotan Samia di Lade.Sebagian besar wilayah Caria kini menyerah kepada Persia, meskipun beberapa benteng harus direbut secara paksa.