Հուայնա Կապակը մահանում է, հավանաբար, ջրծաղիկից (համաճարակը պատռում էր Նոր աշխարհը իսպանացիների կողմից դրա ներդրումից անմիջապես հետո):Աղետալիորեն, Huayna Capac-ը մինչ իր մահը չէր կարողացել ժառանգորդի անունը տալ:Նրա երկու որդիների՝ Հուասկարի և Աթահուալպայի միջև տեղի ունեցած իշխանության պայքարը ի վերջո հանգեցնում է քաղաքացիական պատերազմի։Հուասկարը ստանձնում է Կուսկոյում ազնվականության կողմից աջակցվող գահը:Մինչդեռ Ատահուալպան, որը համարվում էր ավելի ընդունակ ադմինիստրատոր և մարտիկ, թագադրվում է Սապա Ինկա Կիտոյում:Հայտնի չէ, թե քանի ինկա է սպանվել կամ մահացել քաղաքացիական պատերազմի ժամանակ։Ինկերի կայսրության մոտավոր բնակչությունը մինչև համաճարակը (հավանաբար եվրոպական հիվանդություն) և իսպանական նվաճումը գնահատվում է 6-ից 14 միլիոն մարդ:Քաղաքացիական պատերազմը, համաճարակը և իսպանական նվաճումը հանգեցրին բնակչության նվազմանը մի քանի տասնամյակների ընթացքում, որը գնահատվում էր որպես 20:1 կամ 25:1, ինչը նշանակում է, որ բնակչությունը նվազել է 95 տոկոսով: