Ինկերի կայսրության անկումից հետո ինկերի մշակույթի շատ ասպեկտներ համակարգված կերպով ոչնչացվեցին, ներառյալ նրանց բարդ գյուղատնտեսական համակարգը, որը հայտնի է որպես գյուղատնտեսության ուղղահայաց արշիպելագի մոդել:Իսպանացի գաղութատիրական պաշտոնյաներն օգտագործում էին Inca mita corvée աշխատանքային համակարգը գաղութային նպատակների համար, երբեմն դաժանորեն:Յուրաքանչյուր ընտանիքի մեկ անդամ ստիպված էր աշխատել ոսկու և արծաթի հանքերում, որոնցից գլխավորը Պոտոսիի տիտանական արծաթի հանքն էր։Երբ ընտանիքի անդամը մահանում էր, ինչը սովորաբար տեղի էր ունենում մեկ կամ երկու տարվա ընթացքում, ընտանիքից պահանջվում էր փոխարինող ուղարկել:Ինկերի կայսրության վրա ջրծաղիկի ազդեցությունն էլ ավելի կործանարար էր։Սկսած Կոլումբիայից, ջրծաղիկը արագորեն տարածվեց մինչև իսպանացի զավթիչները առաջին անգամ կհայտնվեին կայսրություն:Տարածմանը, հավանաբար, նպաստել է Ինկերի արդյունավետ ճանապարհային համակարգը:Ծաղիկը միայն առաջին համաճարակն էր։Այլ հիվանդություններ, ներառյալ տիֆի հավանական բռնկումը 1546-ին, գրիպն ու ջրծաղիկը միասին 1558-ին, ջրծաղիկը կրկին 1589-ին, դիֆթերիան 1614-ին և կարմրուկը 1618-ին, բոլորը հոշոտեցին ինկերի ժողովրդին։Իսպանացի գաղութարարներին վտարելու և ինկերի կայսրությունը վերստեղծելու բնիկ առաջնորդների կողմից պարբերաբար փորձեր կլինեն մինչև 18-րդ դարի վերջը: